hisat2构建基因组index

选用：gencode的GRCm38.fasta和gtf

第一步：转录本的index：

extract_exons.py gencode.vM19.annotation.gtf > genome.exon

extract_splice_sites.py gencode.vM19.annotation.gtf > genome.ss

hisat2-build -p 20 GRCm38.chr.fa --ss genome.ss --exon genome.exon genome_tran

第二步：基因组的index：

hisat2-build -p 20 genome.fa genome