选用：gencode的GRCm38.fasta和gtf
第一步：转录本的index：
extract_exons.py gencode.vM19.annotation.gtf > genome.exon
extract_splice_sites.py gencode.vM19.annotation.gtf > genome.ss
hisat2-build -p 20 GRCm38.chr.fa --ss genome.ss --exon genome.exon genome_tran
第二步：基因组的index：
hisat2-build -p 20 genome.fa genome
hisat2 构建索引 hisat2 比对 hisat2 比对软件将 reads 比对到参考基因组[https:/...
选用：gencode的GRCm38.fasta和gtf 第一步：转录本的index： extract_exons....
比对参考基因组的2种软件：hisat2、subjunc hisat2软件 1、构建索引： 官网下载：https:/...
1.下载线粒体参考序列 2.构建索引文件 参考Hisat2, Bowtie, Bowtie2和BWA构建基因组索引...
注：后面可能还会构建鼠源的x参考： RNA-seq(5):序列比对：Hisat2 人类基因组hg19、hg38构建...
基因组比对软件常用bwa，转录组比对软件常用bowtie2、hisat2等，其中有参考基因组的常用hisat2，没...
利用hisat2 构建索引
原文链接：hisat2:比对基因组工具简介_生信修炼手册_传送门 由于测序仪机器读长的限制，在构建文库的过程中首先...
1.只要挂载到染色体的基因组序列和注释gff文件 2.构建index 3.EDTA
hisat2 -t -x ~/rna_seq_analysis/reference/index/hg19/geno...
本文标题：hisat2构建基因组index
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/xgxmxqtx.html
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