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关于bioconda,miniconda,conda,anaco

关于bioconda,miniconda,conda,anaco

作者: ShanSly | 来源:发表于2019-11-18 19:43 被阅读0次

    三个月前在刚刚接触linux的时候,经常需要借助conda,miniconda,bioconda,anaconda去安装一些软件,那么是否真正理解这些相似名称的区别是什么吗?下面,我们一起来看一看,如果我的阐述有错误,请各位大佬在评论区批评指正,共同进步!

    一、了解Conda, Anaconda, Miniconda,Bioconda
    1、Anaconda:

    ①Anaconda是一个开源的Python发行版本,包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。
    ②相当于一堆科学计算常用包,重量级

    2、Miniconda:

    ①通过以上对Anaconda的介绍,我们了解到Anaconda的数据包和和安装包都很大,所以如果我们需要较少的时间去做 这样的事情,就是Miniconda的登场!
    ②Miniconda是最小的conda安装环境,相当于conda+python+pip,轻量级

    3、conda:

    ①Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换,是通用的包管理器,能装pip包(例如numpy),也能装其他语言的软件包(例如ninja, cmake).
    ②我们也可以把conda理解为一个360软件管家,但是conda是虚拟形式展现的

    4、Bioconda:

    ①首先,看一下conda的安装命令:

    $ conda install -c <channel> <software>
    

    ②其中,channel就是我们经常说道的镜像,那么bioconda其实就是代表镜像的含义。即:Bioconda是conda软件包管理器的一个镜像,专门从事生物信息学软件;
    ③conda可以给我们提供一个独立的环境,相当于python的virtualenv

    通过推文,我了解到如果你正在学习或者使用Python,那么强烈建议你使用miniconda/anaconda而不是系统自带Python/pip,虽然硬盘空间可能多消耗一些,但往往能节省在环境配置上的时间开销。

    二、Miniconda和Anaconda有何关联?

    功能角度:Anaconda=Miniconda
    大小角度:Anaconda > Miniconda
    功能多少:Anaconda > Miniconda

    三、Conda和Bioconda有何关联?

    A、实现Conda的渠道:Bioconda
    B、类型差异:
    ①Conda是一个管理系统和环境管理系统
    ②Bioconda是一个channel

    四、总结Conda的常用命令

    更新指定软件:

    conda update 软件名
    

    卸载指定软件:

    conda remove 软件名
    

    创建环境

    conda create -y --name wes python=3
    

    查看系统中已有的环境

    conda info -e 
    conda env list
    

    删除某个环境(名为name的环境)

    conda remove -n name --all
    

    参考:
    https://www.jianshu.com/p/9ce5f3c3af99
    https://www.cnblogs.com/zjutzz/p/11871266.html

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