ExpressionSet 数据结构

ExpressionSet 是 Biobase 提供的将多种来源信息组合成方便的单个数据结构，在芯片数据分析很常用。
ExpressionSet 对象结构总结如下图。其中 assayData 保存表达数据；metaData 分别包含 featureData 和 phenoData, 保存探针注释信息和样品信息；experimentData 保存实验信息。

ExpressionSet

当我们用 GEOquery 处理 GEO 数据时可以用 exprs, pData 等函数，就是因为数据被处理成 ExpressionSet 对象了。

使用 ALL 包可以进行 ExpressionSet 对象操作练习，熟悉数据结构和方法函数。

library(Biobase)
library(ALL)

data(ALL)

用 exprs 函数提取表达矩阵（assayData）。

> exprs(ALL)[1:3, 1:3]
             01005    01010    03002
1000_at   7.597323 7.479445 7.567593
1001_at   5.046194 4.932537 4.799294
1002_f_at 3.900466 4.208155 3.886169

行名为探针名；列名为样品名。可以分别用 featureNames 和 sampleNames 提取。

> featureNames(ALL)[1:5]
[1] "1000_at"   "1001_at"   "1002_f_at" "1003_s_at" "1004_at"  
> sampleNames(ALL)[1:5]
[1] "01005" "01010" "03002" "04006" "04007"

用 pData 函数取得样品信息。

> pData(ALL)[1:3, 1:8]
       cod diagnosis sex age BT remission CR   date.cr
01005 1005 5/21/1997   M  53 B2        CR CR  8/6/1997
01010 1010 3/29/2000   M  19 B2        CR CR 6/27/2000
03002 3002 6/24/1998   F  52 B4        CR CR 8/17/1998

相应地，用 featureData 函数取得探针注释数据。

> featureData(ALL)
An object of class 'AnnotatedDataFrame': none

（然而，什么都没有发生）
没有注释数据时，可以自己去 GEO 找到相应芯片平台注释文件，或者寻找相应的注释 R 包。

用 experimentData 提取实验信息。

> experimentData(ALL)
Experiment data
  Experimenter name: Chiaretti et al. 
  Laboratory: Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Department of Medicine, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA. 
  Contact information:  
  Title: Gene expression profile of adult T-cell acute lymphocytic leukemia identifies distinct subsets of patients with different response to therapy and survival. 
  URL:  
  PMIDs: 14684422 16243790 

  Abstract: A 187 word abstract is available. Use 'abstract' method.

ExpressionSet 可以进行索引切片。

> ALL[1:3, 1:3]
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 3 features, 3 samples 
  element names: exprs 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: 01005 01010 03002
  varLabels: cod diagnosis ... date last seen (21 total)
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
  pubMedIds: 14684422 16243790 
Annotation: hgu95av2 

参考资料
ExpressionSet
An end to end workflow for differential gene expression using Affymetrix microarrays