from ete3 import Tree, TreeStyle, NodeStyle

安装模块： pip3 install PyQt5 ete3

加载进化树文件

tree = Tree("XXX.nwk")

创建一个 TreeStyle 对象

ts = TreeStyle()

定义着色规则

color_group1 = "red" # -group1- 枝条的颜色
color_group2 = "yellow" # -group2- 枝条的颜色
color_group3 = "purple"

遍历树的每个节点

for node in tree.traverse():
if "-group1-" in node.name:
# 如果节点名包含 -group1-，则将其枝条着色为红色
node_style = NodeStyle()
node_style["fgcolor"] = color_group1
node.set_style(node_style)
elif "-group2-" in node.name:
# 如果节点名包含 -group2-，则将其枝条着色为蓝色
node_style = NodeStyle()
node_style["bgcolor"] = color_group2
node.set_style(node_style)
elif "-group3-" in node.name:
node_style = NodeStyle()
node_style["bgcolor"] = color_group3
node.set_style(node_style)

将进化树显示为圆形

'''
ts.mode = "c"
ts.arc_start = 0 # 起始角度
ts.arc_span = 360 # 弧度范围
'''

设置树样式

ts.show_leaf_name = True

输出着色后的进化树

tree.show(tree_style=ts)

渲染进化树

tree.render("tree.png", w=800, dpi=800, tree_style=ts)