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答：免疫共沉淀实验与亲和纯化的区别：
（1）免疫共沉淀以抗体和抗原之间的特异免疫反应为基础，验证两个蛋白质是否在细胞内天然结合；亲和纯化不用引入抗体。
（2）免疫共沉淀纯化瞬时且较弱相互作用的配体，亲和纯化用于纯化稳定蛋白质复合物的亚基。
（3）免疫共沉淀实验强度较低，假阳性率较高；亲和纯化强度较大，效率很高，而且可以在成分复杂的混合物中提取出目的蛋白。
（4）免疫共沉淀只能用于验证，不可以发现新的相互作用；亲和纯化可以发现新的相互作用。
免疫共沉淀适用于瞬时的，较弱的蛋白相互作用，亲和纯化难以检测瞬时的蛋白相互作用，更适合于稳定的蛋白复合物中蛋白的相互作用。免疫共沉淀的原理是形成“目的蛋白-兴趣蛋白-兴趣蛋白抗体-SPA/Pansobin”的复合物，由于SPA/Pansobin较大，在离心时会沉淀下来，因此在分离时不需要较大的外力，对相互作用的破坏较小，因此可以检测弱的相互作用；亲和纯化是通过共价键将与底物专一性可逆结合的配基偶联到基质，配基与混合物中的底物结合后，改变化学条件将其他混合物洗掉，这一过程中如果配基与底物结合的不牢固，就会被同时洗掉，因此只能用于强的相互作用。
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