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紧急更新 | GSAman 基因结构注释人工校正软件,我只是不想

紧急更新 | GSAman 基因结构注释人工校正软件,我只是不想

作者: 生信石头 | 来源:发表于2023-10-25 17:02 被阅读0次

    GSAman最新版本:0.7.0

    「TBtools」没有拿到经费支持,但「GSAman」 拿到了亚热带国重自主项目的支持。前述提及,年内不更新 GSAman,除非有大bug。原本我是想集中精力,专心做生物学问题。但最近的情况是:

    1. 「GSAman」有开发经费项目支持;
    2. 收到了两三个兄弟课题组的小朋友说 GSAman 的时光机有问题,导致所有修改丢失,回到解放前。

    这让人很无奈,首先是时光机的逻辑我设计了很久,实现出来,效果勉强达到我个人预期,也很少遇到问题。但后来发现,绝大多数人使用了 .gsaman 模式使用 GSAman,这个模式与时光机逻辑本身是会有文件冲突,唯一优势是节省100Mb左右内存。我一直使用 .gsawoman 模式,所以很少遇到类似问题。
    痛定思痛,与小朋友一起折腾了大半天,结果数据也恢复不了。于是问题来了。怎么搞?
    犹豫了一个晚上,我觉得干脆还是直接重新设计逻辑,然后......想了一个早上,写了一个白天。终于还是完全重构了。主要确保两个事情:

    1. 无论是 .gsaman 还是 .gsawoman 输入,均自动使用 .gsawoman 模式,避免文件占用问题(事实上,新的时光机逻辑不会存在这个问题);
    2. 完全重新设计和实现时光机逻辑
    3. 完整记录所有操作,一旦真实出现数据丢失问题,直接从操作历史回复(这块之前的时光机机制没做好,现在优化好了);

    新时光机使用介绍

    支持两个操作:

    1. Roll Back:撤回上一步,你可以连续撤回100步
    2. Redo:重做,撤回等于后悔,你可以后悔自己的后悔

    我先删了转录本,然后Roll Back,就恢复了



    我后悔自己的撤回,然后Redo,就重做了


    其他

    也做了两个小更新,发现撤销重做之后,没有正常显示 EXON,原因是撤销重做没有更新缓存。这个问题应该有人遇到过,实际上他不影响内容,只是文件缓存的问题。我强制更新,搞定了



    另外一个...就是支持「Chr12:123,123,345 124,123,345」这类混合文本。
    至于其他,忘了。

    写在最后

    我相信,绝大多数被「时光机」坑过的人,内心估计都想骂人。因为如果是我,我肯定直接开骂。但是呢,又似乎不太好,毕竟起码别人写了一个能用的软件。写一个别人用了就想骂的软件,不是好事。我只想写一个,大家用了都开心的软件。

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