他向楼梯方向移动的时候，又有两个士兵从其他地方赶来，他们一边隐藏一边寻找乔尔，却被后者早早发现。当乔尔用弓箭干掉一个人时，另外一人还毫无察觉，于是乔尔又用弓箭射穿他的喉咙。两个人的尸体清开了一条道路，乔尔冲到楼梯口的大厅，忽然听到楼梯上传来杂乱的脚步声，他立刻像猫一样躲进阴暗的大厅接待台。几秒钟后一小队火萤士兵从楼上冲下来，至少有七八人，他们判断敌人应该还藏在这层楼里面，于是没看接待台，直接向走廊深处冲去。
乔尔趁机向楼上狂奔，径直冲到最顶层。他看到挂在墙上的楼层图，确定了手术室的方向——这是一栋环形楼，手术室在大楼另一侧，他甚至能从窗户看到手术室白色的门。艾莉，等着我，一定要等着。乔尔期待那些医生还没有动手，否则就是杀光这里所有的人，也不会平息他的仇恨。
顶层的守备同样森严，不过刚才的战斗都发生在下层，火萤的人不会想到乔尔已经鬼魅一般来到顶楼。前往手术室的两条走廊都有士兵驻守，不过好在这里房间够多，它们是乔尔最好的掩体和通道。他从窗户鱼贯而入，避开视野开阔的地方，在病房间隐藏穿梭，捂住嘴巴割开了一个挡路士兵的喉咙，然后轻轻将尸体推倒床下。当他潜到一扇隔离区域的大门时，又从身后拧断了一个倒霉士兵的脖子，成功进入距离手术室最近的区域。
这里的墙面上印有很多防疫标志，还有几间用厚篷布搭成的实验蓬，里面放置了各种仪器，但是能看出来已经很久没有使用过。再往前，地上出现很多生锈的氧气瓶，试验台上放着落满灰尘的烧杯烧瓶，还有字迹潦草的实验记录。乔尔躲过守卫，快速穿过这片区域，终于看到走廊尽头的两间手术室。
第一间手术室里只有冰冷的手术台和熄灭的无影灯，当乔尔走进第二间手术室时，从里间窗户的投影上看到三个医生正围在手术台前。乔尔的心脏骤然紧缩，立刻推门冲进去。
艾莉就在这里，可怜的女孩刚被实施完麻醉，换上了手术服，躺在淡绿色的手术台上。三位医生穿着干净的手术服，戴着口罩，正在做最后的准备工作。其中两名男医生在检查手术工具，另外一名女医生在调整装满液体的药包。乔尔的闯入让三人大惊失色，一位最年长的医生是当今世上仅存几位的生物学家之一，他喊道：“你要做什么！”
乔尔没有理会，径直走向手术台上的艾莉。
年长的医生立刻拿起手术刀欲作自卫，喊道：“我不会让你带走她的，这是我们的未来，想想我们以后可以拯救多少生命！求你了，别再过来，我是认真的。”
乔尔对这些话无动于衷，抢下医生的手术刀，一刀刺进他的喉咙。医生顿时血流如注，痛苦倒地，他成为这间手术室唯一的牺牲者。女医生悲哀地喊道：“不！你这残忍的混蛋。”
“凯莉，闭嘴。”另一个躲在墙边的年轻男医生说道。他明白自己根本不可能阻止乔尔带走艾莉，只要他不要再杀人就好。
艾莉还在呼吸，她只是被麻醉了。乔尔无视另外两人，抱起艾莉从手术室后门快速离开。此时大楼里除了警报声鸣响，发着黄红亮光的警示灯也开始闪烁。火萤士兵未在下层找到乔尔，大部分已经攀上顶层。
“没事的，艾莉，没事的我的宝贝，我会带你离开。”乔尔的心里恐惧与欣慰交织，他总算在艾莉被杀死前找到了她，但他还不知该如何离开火萤的地盘。周围的脚步声凌乱，人影与手电的白光闪动，火萤的人在怒骂呼喊，他们誓要找到乔尔和女孩。乔尔几乎是凭借本能寻找出路，还要躲避众多敌人的追杀。
终于，他看见一个还亮着灯的电梯，打开电梯门，此时火萤士兵已经远远发现他们。乔尔冲进电梯躲过了从侧面射来的子弹，他立刻按关门按钮，电梯门在火萤士兵赶到前关闭，乔尔和艾莉下行，电梯停在了医院负二层停车场。他在走出电梯门之前按下了红色的制动按钮，这台电梯暂时无法上行了。
他觉得敌人暂时没可能追来，可当他走出电梯时，马琳端着手枪从黑暗中出现。
“你救不了她的。”马琳厉声道，“你就算把她带出这里，然后呢？她能躲着那些循声者多久？不然就是沦落到被人奸杀。”
“那不是你能决定的。”乔尔抱着艾莉说道。
“她是自愿的，而且你也知道！”马琳用力说出这几个字，她太需要艾莉了，不，整个火萤，整个人类都需要艾莉。“听好了，你还是有机会做出正确的选择，她不会有感觉的，相信我。”马琳轻轻移开对准乔尔的枪口，将双手摊开，以表示她并不想杀死对方。
一个艰难的选择抛给了乔尔，一边是最爱的人，一边是全人类的命运。该何去何从，每个人都会有自己的答案，但选择的过程一定都不轻松。
乔尔开枪了，子弹射中马琳的腹部，致使她痛苦倒地，她的枪掉在地上被乔尔一脚踢开。刚刚还在电梯里时，为了以防万一乔尔将手枪放在手里，又藏在艾莉的身体下面。因为他抱着艾莉，手枪很难被看到，所以他才可以在马琳眼皮底下偷偷开枪。至于开枪的理由，他选择做一个自私的混蛋，因为只有这样艾莉才能够活下去。莎拉的死带给他无尽痛苦，也让他变成了一个自私冷酷的人，为了不让悲剧再次上演，他只能将这样的人做到底。至于拯救世界这种事，并不是自己的使命，也不应该让无辜的艾莉牺牲自己。这么多年来，他一直憎恨这个世界，这个世界充满罪恶，当然他不否认自己也是一个恶人，但如果世界是罪恶的，它就不值得被拯救。
乔尔从马琳身上拿到车钥匙，打开了停在旁边的一辆黑色商务车，将艾莉放在车上，关上车门。他又走到马琳身前，掏出手枪。
马琳痛苦地趴在地上，鲜血不断从伤口涌出。她看见乔尔走来，立刻哀求道：“等一等，放过我，拜托。”
乔尔犹豫了一秒说道：“你只会对她穷追不舍。”话毕，他开枪射穿了她的脑袋。
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