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2021-06-11 EigenGWAS 用在哪里比较好

2021-06-11 EigenGWAS 用在哪里比较好

作者: 小郑的学习笔记 | 来源:发表于2021-06-11 09:46 被阅读0次

    最近真的有点倒霉,骨折了,已经躺了好多天,所有的事情都暂停了下来。

    可能这就是命运吧,让我老老实实呆在家中,哪里也去不了。

    北京之行也直接中断了,好在已经把EigenGWAS的技术问题解决了。

    目前来说,EigenGWAS的发展进入了一个新的时期,理论部分已经由陈老师全部证明完毕,数学上的解析解已经没有任何问题了。自交,异交群体的模型也全部构建完成,师弟已经把最新的版本更新到shiny上,配合上命令行版的软件,基本上所有的数据集都能分析了。

    现在我发现在实际使用软件的课题组遇到的问题,主要还是解释上。这其实是个复杂的问题,不同的课题组研究对象不一样,材料群体数量不一样,很难统一一种方法。

    EigenGWAS官方的称呼是 非监督遗传选择位点搜寻算法。

    顾名思义,首先这个软件可以找到你研究群体中受到自然选择的位点,然后由于是非监督的,我们不需要提前知道分组信息。

    其实就是这么朴素的思想,不需要过多地拓展,当然,在使用中,因为数据质量的问题,很多组分析完之后,发现结果不满足自己的预期,这其实也很正常的,主要看你后续的分析思路和方法,从哪个角度去写你的故事。

    基本上我觉得,现在有群体数据的,都可以跑一下EigenGWAS,不要一定有很好的预期,跑出结果过后,再来仔细分析。

    躺着打字太累了,先总结那么多。

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