Linux R语言图片保存

Linux R语言图片保存

1 基础包作图的保存

不需要加载任何R包
先设置保存的格式为pdf，再画图，运行画图代码后，图片保存在工作目录下。
（1）图片保存的格式及文件名： pdf("test.pdf")、png("test.png")，支持各种合格图片的格式，注意对应的后缀不能写错。
（2）作图代码：可以写很多行代码。
（3）图画完，关闭画板：dev.off()，图画完需要终止符号。

pdf("iris_box_ggpubr.pdf")
boxplot(iris[,1]~iris[,5])
text(6.5,4, labels = 'hello')
dev.off()

2 ggplot系列图(包括ggpubr)通用的简便保存

ggsave直接保存

ggsave("iris_box_ggpubr.png")

右下角出的图，用ggsave保存

赋值保存

library(ggpubr)
p <- ggboxplot(iris, x = "Species", 
               y = "Sepal.Length",
               color = "Species", 
               shape = "Species",
               add = "jitter")
ggsave(p,filename = "iris_box_ggpubr.png")

3 给图赋值，写保存的名称。

pheatmap函数的图保存方式

第一种在pheatmap函数后面设置filename ="DEG_break_pheatmap.png" ，后缀可以是png或是pdf

p <- pheatmap(dat,scale = "row",show_colnames =T,show_rownames = F, 
              cluster_cols = T, 
              annotation_col=group,
              main = "edgeR's DEG",
              breaks = seq(-2,2,length.out = 100),
              filename ="DEG_break_pheatmap.png" )
p
#### 第二种用普通包保存函数pdf，png，对应的后缀要写对
pdf("DEG_break_pheatmap.pdf")

#### 代码正常运行，不出图的情况下，运行以下两句代码
dev.off()
dev.new()

遇到问题可以运行dev.new()，不行重启Rstudio，再不行重启电脑：每次重启都会把一些被破坏的默认设置恢复到原样。

参考

R语言图片之间的保存和导出