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SAS 程序冷知识——基线BLFL的制作

SAS 程序冷知识——基线BLFL的制作

作者: 生物统计与SAS研究员 | 来源:发表于2021-04-24 15:57 被阅读0次

    一、在data步中完成

    proc sort data=LB_SDTM1;by SUBJID LBCAT LBTESTCD descending LBDTCN descending LBDTC;run;

    data LB_QSDTM;

    set LB_SDTM1;

    by SUBJID LBCAT LBTESTCD descending LBDTCN;

    if LBSTAT^='NOT DONE' then do;

        LBDYlg=lag(LBDY);

        SUBJIDlg=lag(SUBJID);

        LBCATlg=lag(LBCAT);

        LBTESTCDlg=lag(LBTESTCD);

    end;

    if . < LBDY <= 1 and (LBDYlg>1 or SUBJID ne SUBJIDlg or LBCAT ne LBCATlg or LBTESTCD ne LBTESTCDlg) and LBSTAT^='NOT DONE' then LBBLFL='Y';

    run;

            首先是排序,排序一定是按照时间倒叙排列,因为基线的制作是要保证2个条件,一个是早于首次用药,这个很好判断。另一个是要在时间上距离首次用药最近,这个如果在正序的前提下很难得到,因为sas没法预判下一条(下一个时间点)是不是也在首次用药之前,这样就没法判断当前的观测是不是距离最近的了。

            一般在SDTM中DY变量会指示具体首次用药的日期差值,我们可以直接使用这个变量,如果条件不允许可以自己制作,无论是日期差还是时间差都是可以的。这里使用的是LBDY,因为如果日期相等,DY变量会+1,所以是小于等于1作为判断是否早于给药时间的条件。而LBDYlg这个变量是上一条中的LBDY,LBDYlg > 1 是为了保证当前一条是距离给药时间最近的一条。因为我们时间是倒序的,所以上一条是下一个时间点,下一个时间点晚于给药时间,本条早于给药时间才能满足条件。

            LBDYlg>1 后面跟了一大串 SUBJID ne SUBJIDlg or LBCAT ne LBCATlg or LBTESTCD ne LBTESTCDlg 。这些条件是为了防止出现下面情况:本条的时间点是给药前,并且是当前参数下的最后一个时间点。此时本条应该被标记为基线,但如果没有这一大串代码,是无法实现标记基线的。具体原因如下:我们是希望以每 SUBJID LBCAT LBTESTCD(这个组合当然要根据需要调整) 的一个值得组合,作为一个单独的考察基线的分组。所以我们会按SUBJID LBCAT LBTESTCD排序,这样,如果本条和上一条相比,无论这三个变量中的哪一个发生变化,就说明本条已经是一个新的分组了。别忘记我们是按时间倒序排序的,换句话说此时当前分组的最晚的一条依然要早于给药时间。既然已经是最后一条,那麽就只能加上基线标记了(当然这是可以根据实际需要调整的)。

            同时,条件中还有一个 LBSTAT^='NOT DONE' 这个很显然,未作的行不能做为基线。但是需要解释的是为什么不能在最后的赋值LBBLFL的if语句中直接使用lag函数,而是要事先复制,以及赋值的时候为什么要加条件。

            以上的所有关于LBDYlg,SUBJIDlg,LBCATlg,LBTESTCDlg 的分析中,都隐含着一个前提,就是上一行必须不能是 LBSTAT='NOT DONE' 的。如何保证上一行肯定不是未做呢?这就涉及到 lag 函数的特点:严格来说 lag 函数并不是返回变量上一行的值,而是返回 lag 函数 上一次起作用时,那个变量的值

            所以我们不能在最后的赋值LBBLFL的if语句中直接使用lag函数,因为每一行都会执行从 if 到 then 中间的部分,所以如果写成 :

    if . < LBDY <= 1 and (

    lag (LBDY)>1 or 

    SUBJID ne lag (SUBJID) or 

    LBCAT ne lag (LBCAT) or 

    LBTESTCD ne lag (LBTESTCD)

    ) and LBSTAT^='NOT DONE' then LBBLFL='Y';

    则lag 函数返回的永远是上一行,而上一行是无法确保一定不是 LBSTAT='NOT DONE'  的。而如果我们在前面事先赋值,而且放在条件语句then的后面:

    if LBSTAT^='NOT DONE' then do;

        LBDYlg=lag(LBDY);

        SUBJIDlg=lag(SUBJID);

        LBCATlg=lag(LBCAT);

        LBTESTCDlg=lag(LBTESTCD);

    end;

    则 lag 函数上一次起作用的值,永远是符合LBSTAT^='NOT DONE'的观测,因此它返回的一定是上一次LBSTAT^='NOT DONE' 的观测值,这样就可以完美跳过未做行。

            这也是为什么不使用first和last方法而使用lag来确定分组的原因,因为使用first或last,最终也是无法判断是否未做。最后这个语句还有一个好处,就是它可以嵌入到其他data步当中,只要事先排序,不需要使用by语句,所以不会收到merge是by语句的限制。

    如果需要做基线后的话可以加上:

    proc sort data=LB_SDTM1;by SUBJID LBCAT LBTESTCD descending LBDTCN descending LBDTC;run;

    data LB_QSDTM;

    set LB_SDTM1;

    by SUBJID LBCAT LBTESTCD descending LBDTCN;

    retain LBPOBLFL ;

    if LBSTAT^='NOT DONE' then do;

        LBDYlg=lag(LBDY);

        SUBJIDlg=lag(SUBJID);

        LBCATlg=lag(LBCAT);

        LBTESTCDlg=lag(LBTESTCD);

    end;

    if . < LBDY <= 1 and (LBDYlg>1 or SUBJID ne SUBJIDlg or LBCAT ne LBCATlg or LBTESTCD ne LBTESTCDlg) and LBSTAT^='NOT DONE' then LBBLFL='Y';

    if (SUBJID ne SUBJIDlg or LBCAT ne LBCATlg or LBTESTCD ne LBTESTCDlg) then LBPOBLFL='Y'; 

    if  LBBLFL='Y' then LBPOBLFL='';

    run;

    当然,这样需要在后续的data步中,去掉未做行的标记。

    二、SQL一步完成(待续)

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