就在各色数据库系统百花齐放的今天，能让大家铭记的，往往是一个数据库所能带给大家的差异化能力。正如梁宁老师的产品思维课程中所讲到的，这是一个数据库系统所能带给产品使用者的”确定性”。
差异化能力通常需要从数据库底层开始构筑，而数据存储方式显得至关重要，因为它直接关乎数据写入与读取的效率。在一个系统中，这两方面的能力需要进行很好的权衡：如果设计有利于数据的快速写入，可能意味着查询时需要需要花费较大的精力去组织数据，反之，如果写入时花费精力去更好的组织数据，查询就会变的非常轻松。
探讨数据库的数据存储方式，其实就是探讨数据如何在磁盘上进行有效的组织。因为我们通常以如何高效读取和消费数据为目的，而不是数据存储本身。在RDBMS领域，因为键与数据的组织方式的区别，有两种表组织结构最为常见，一种是键与数据联合存储的索引组织表结构，在这种表结构下，查到键值意味着查找到数据；另外一种是键与数据分离存储的堆表结构。在这种表结构下，查找到键以后，只是拿到了数据记录的物理地址，还需要基于该物理地址去查找具体的数据记录。
在大数据分析领域，有几种通用的文件格式，如Parquet, RCFile, ORCFile，CarbonData等等，这些文件大多基于列式的设计结构，来加速通用的分析型查询。但在实时数据库领域，却以各种私有的文件格式最为常见，如Bigtable的SSTable，HBase的HFile，Kudu的DiskRowSets，Cassandra的变种SSTable，MongoDB支持的每一种Storage Engine都是私有的文件格式设计，等等。
本文将详细探讨HBase的HFile设计，第一部分为HFile原理概述，第二部分介绍了一个HFile从无到有的生成过程，最后部分列出了几点与HFile有关的附加信息。
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本系列文章
开篇文章
介绍HBase的数据模型、适用场景、集群关键角色、建表流程以及所涉及的HBase基础概念。
Write过程
介绍了写数据的接口，RowKey定义，数据在客户端的组装，数据路由，打包分发，以及RegionServer侧将数据写入到Region中的全部流程。
Flush与Compaction
阐述了Flush与Compaction流程，讲述了Compaction所面临的本质问题，介绍了HBase现有的几种Compaction策略以及各自的适用场景。
Read过程
首先介绍了HBase的两种读取模式（Get与Scan），而后详细介绍了Scan的详细实现流程。
HFile原理概述
最初的HFile格式(HFile V1)，参考了Bigtable的SSTable以及Hadoop的TFile(HADOOP-3315)。如下图所示：
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HFile在生成之前，数据在内存中已经是按序组织的。存放用户数据的KeyValue，被存储在一个个默认为64kb大小的Data Block中，在Data Index部分存储了每一个Data Block的索引信息{Offset，Size，FirstKey}，而Data Index的索引信息{Data Index Offset, Data Block Count}被存储在HFile的Trailer部分。除此以外，在Meta Block部分还存储了Bloom Filter的数据。下图更直观的表达出了HFile V1中的数据组织结构：
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这种设计简单、直观。但用过0.90或更老版本的同学，对于这个HFile版本所存在的问题应该深有痛楚：Region Open的时候，需要加载所有的Data Block Index数据，另外，第一次读取时需要加载所有的Bloom Filter数据到内存中。一个HFile中的Bloom Filter的数据大小可达百MB级别，一个RegionServer启动时可能需要加载数GB的Data Block Index数据。这在一个大数据量的集群中，几乎无法忍受。
Data Block Index究竟有多大？
一个Data Block在Data Block Index中的索引信息包含{Offset, Size, FirstKey}，BlockOffset使用Long型数字表示，Size使用Int表示即可。假设用户数据RowKey的长度为50bytes，那么，一个64KB的Data Block在Data Block Index中的一条索引数据大小约为62字节。假设一个RegionServer中有500个Region，每一个Region的数量为10GB（假设这是Data Blocks的总大小），在这个RegionServer上，约有81920000个Data Blocks，此时，Data Block Index所占用的大小为81920000*62bytes，约为4.7GB。
这是HFile V2设计的初衷，HFile V2期望显著降低RegionServer启动时加载HFile的时延，更希望解决一次全量加载数百MB级别的BloomFilter数据带来的时延过大的问题。下图是HFile V2的数据组织结构：
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较之HFile V1，我们来看看HFile V2的几点显著变化：
1.分层索引
无论是Data Block Index还是Bloom Filter，都采用了分层索引的设计。
Data Block的索引，在HFile V2中做多可支持三层索引：最底层的Data Block Index称之为Leaf Index Block，可直接索引到Data Block；中间层称之为Intermediate Index Block，最上层称之为Root Data Index，Root Data index存放在一个称之为"Load-on-open Section"区域，Region Open时会被加载到内存中。基本的索引逻辑为：由Root Data Index索引到Intermediate Block Index，再由Intermediate Block Index索引到Leaf Index Block，最后由Leaf Index Block查找到对应的Data Block。在实际场景中，Intermediate Block Index基本上不会存在，文末部分会通过详细的计算阐述它基本不存在的原因，因此，索引逻辑被简化为：由Root Data Index直接索引到Leaf Index Block，再由Leaf Index Block查找到的对应的Data Block。
Bloom Filter也被拆成了多个Bloom Block，在"Load-on-open Section"区域中，同样存放了所有Bloom Block的索引数据。
2.交叉存放
在"Scanned Block Section"区域，Data Block(存放用户数据KeyValue)、存放Data Block索引的Leaf Index Block(存放Data Block的索引)与Bloom Block(Bloom Filter数据)交叉存在。
3.按需读取
无论是Data Block的索引数据，还是Bloom Filter数据，都被拆成了多个Block，基于这样的设计，无论是索引数据，还是Bloom Filter，都可以按需读取，避免在Region Open阶段或读取阶段一次读入大量的数据，有效降低时延。
从0.98版本开始，社区引入了HFile V3版本，主要是为了支持Tag特性，在HFile V2基础上只做了微量改动。在下文内容中，主要围绕HFile V2的设计展开。
HFile如何生成
在本章节，我们以Flush流程为例，介绍如何一步步生成HFile的流程，来加深大家对于HFile原理的理解。
起初，HFile中并没有任何Block，数据还存在于MemStore中。
Flush发生时，创建HFile Writer，第一个空的Data Block出现，初始化后的Data Block中为Header部分预留了空间，Header部分用来存放一个Data Block的元数据信息。
而后，位于MemStore中的KeyValues被一个个append到位于内存中的第一个Data Block中：
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注：如果配置了Data Block Encoding，则会在Append KeyValue的时候进行同步编码，编码后的数据不再是单纯的KeyValue模式。Data Block Encoding是HBase为了降低KeyValue结构性膨胀而提供的内部编码机制。上图中所体现出来的KeyValue，只是为了方便大家理解。
当Data Block增长到预设大小(默认64KB)后，一个Data Block被停止写入，该Data Block将经历如下一系列处理流程：
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如果有配置启用压缩或加密特性，对Data Block的数据按相应的算法进行压缩和加密。
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在预留的Header区，写入该Data Block的元数据信息，包含{压缩前的大小，压缩后的大小，上一个Block的偏移信息，Checksum元数据信息}等信息，下图是一个Header的完整结构：
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生成Checksum信息。
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Data Block以及Checksum信息通过HFile Writer中的输出流写入到HDFS中。
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为输出的Data Block生成一条索引记录，包含这个Data Block的{起始Key，偏移，大小}信息，这条索引记录被暂时记录到内存的Block Index Chunk中：
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注：上图中的firstKey并不一定是这个Data Block的第一个Key，有可能是上一个Data Block的最后一个Key与这一个Data Block的第一个Key之间的一个中间值。具体可参考附录部分的信息。
至此，已经写入了第一个Data Block，并且在Block Index Chunk中记录了关于这个Data Block的一条索引记录。
随着Data Blocks数量的不断增多，Block Index Chunk中的记录数量也在不断变多。当Block Index Chunk达到一定大小以后(默认为128KB)，Block Index Chunk也经与Data Block的类似处理流程后输出到HDFS中，形成第一个Leaf Index Block：
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此时，已输出的Scanned Block Section部分的构成如下：
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正是因为Leaf Index Block与Data Block在Scanned Block Section交叉存在，Leaf Index Block被称之为Inline Block（Bloom Block也属于Inline Block）。在内存中还有一个Root Block Index Chunk用来记录每一个Leaf Index Block的索引信息：
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从Root Index到Leaf Data Block再到Data Block的索引关系如下：
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我们先假设没有Bloom Filter数据。当MemStore中所有的KeyValues全部写完以后，HFile Writer开始在close方法中处理最后的”收尾”工作：
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写入最后一个Data Block。
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写入最后一个Leaf Index Block。
如上属于Scanned Block Section部分的”收尾”工作。
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如果有MetaData则写入位于Non-Scanned Block Section区域的Meta Blocks，事实上这部分为空。
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写Root Block Index Chunk部分数据：
如果Root Block Index Chunk超出了预设大小，则输出位于Non-Scanned Block Section区域的Intermediate Index Block数据，以及生成并输出Root Index Block(记录Intermediate Index Block索引)到Load-On-Open Section部分。
如果未超出大小，则直接输出为Load-On-Open Section部分的Root Index Block。
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写入用来索引Meta Blocks的Meta Index数据（事实上这部分只是写入一个空的Block）。
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写入FileInfo信息，FileInfo中包含：
Max SequenceID, MajorCompaction标记，TimeRanage信息，最早的Timestamp, Data BlockEncoding类型，BloomFilter配置，最大的Timestamp，KeyValue版本，最后一个RowKey，平均的Key长度，平均Value长度，Key比较器等。
- 写入Bloom Filter元数据与索引数据。
注：前面每一部分信息的写入，都以Block形式写入，都包含Header与Data两部分，Header中的结构也是相同的，只是都有不同的Block Type，在Data部分，每一种类型的Block可以有自己的定义。
- 写入Trailer部分信息， Trailer中包含：
Root Index Block的Offset，FileInfo部分Offset，Data Block Index的层级，Data Block Index数据总大小，第一个Data Block的Offset，最后一个Data Block的Offset，Comparator信息，Root Index Block的Entries数量，加密算法类型，Meta Index Block的Entries数量，整个HFile文件未压缩大小，整个HFile中所包含的KeyValue总个数，压缩算法类型等。
至此，一个完整的HFile已生成。我们可以通过下图再简单回顾一下Root Index Block、Leaf Index Block、Data Block所处的位置以及索引关系：
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简单起见，上文中刻意忽略了Bloom Filter部分。Bloom Filter被用来快速判断一条记录是否在一个大的集合中存在，采用了多个Hash函数+位图的设计。写入数据时，一个记录经X个Hash函数运算后，被映射到位图中的X个位置，将位图中的这X个位置写为1。判断一条记录是否存在时，也是通过这个X个Hash函数计算后，获得X个位置，如果位图中的这X个位置都为1，则表明该记录"可能存在"，但如果至少有一个为0，则该记录"一定不存在"。详细信息，大家可以直接参考Wiki，这里不做过多展开。
Bloom Filter包含Bloom元数据(Hash函数类型，Hash函数个数等)与位图数据(BloomData)，为了避免每一次读取时加载所有的Bloom Data，HFile V2中将BloomData部分分成了多个小的Bloom Block。BloomData数据也被当成一类Inline Block，与Data Block、Leaf Index Block交叉存在，而关于Bloom Filter的元数据与多个Bloom Block的索引信息，被存放在Load-On-Open Section部分。但需要注意的是，在FileInfo部分，保存了关于BloomFilter配置类型信息，共包含三种类型：不启用，基于Row构建BloomFilter，基于Row+Column构建Bloom Filter。混合了BloomFilter Block以后的HFile构成如下图所示：
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附录1 多大的HFile文件才存在Intermiate Index Block
每一个Leaf Index Block大小的计算方法如下(HFileBlockIndex$BlockIndexChunk#getNonRootSize)：
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curTotalNonRootEntrySize是在每次写入一个新的Entry的时候累加的：
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这样可以看出来，每一次新增一个Entry，则累计的值为：
12 + firstKey.length
假设一个Leaf Index Block可以容纳的Data Block的数量为x：
4 + 4 * (x + 1) + x * (12 + firstKey.length)
进一步假设，firstKey.length为50bytes。而一个Leaf Index Block的默认最大大小为128KB：
4 + 4 * (x + 1) + x * (12 + 50) = 128 * 1024
x ≈1986
也就是说，在假设firstKey.length为50Bytes时，一个128KB的Leaf Index Block所能容纳的Data Block数量约为1986个。
我们再来看看Root Index Chunk大小的计算方法：
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基于firstKey为50 Bytes的假设，每往Root Index Chunk中新增一个Entry(关联一个Leaf Index Block)，那么，curTotalRootSize的累加值为：
12 + 1 + 50 = 63
因此，一个128KB的Root Index Chunk可以至少存储2080个Entries，即可存储2080个Leaf Index Block。
这样， 一个Root Index Chunk所关联的Data Blocks的总量应该为：
1986 * 2080 = 4,130,880
而每一个Data Block默认大小为64KB，那么，这个HFile的总大小至少为：
4,130,880 * 64 * 1024 ≈ 252 GB
即，基于每一个Block中的FirstKey为50bytes的假设，一个128KB的Root Index Block可容纳的HFile文件总大小约为252GB。
如果实际的RowKey小于50 Bytes，或者将Data Block的Size调大，一个128KB的Root Index Chunk所关联的HFile文件将会更大。因此，在大多数场景中，Intermediate Index Block并不会存在。
附录2 关于HFile数据查看工具
HBase中提供了一个名为HFilePrettyPrinter的工具，可以以一种直观的方式查看HFile中的数据，关于该工具的帮助信息，可通过如下命令查看：
hbase org.apache.hadoop.hbase.io.hfile.HFile
References
HBase Architecture 101 – Storage
HBASE-3857: Change the HFile Format
HBase Document: Appendix H: HFile format
HADOOP-3315: New Binary file format
SSTable and Log Structured Storage: LevelDB
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