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使用GeneSet 生成GeneSetCollection 基因

使用GeneSet 生成GeneSetCollection 基因

作者: 努力学习的消炎药 | 来源:发表于2023-11-13 11:54 被阅读0次

代码来自曾老师的某乎推文 《对象何必到处乱找,自己创造即可》
使用的时候老报错,就给他分解了一下,查找了原因,解决了一下。
主要的代码就是 GeneSetCollection()函数生成 GSC对象,来整理成为一个 基因集列表
适用于 ssGSEA,AUCell,等的需要提供自己的基因集的程序。

## lst 是一个基因列表,需要去重,保证没重复,才能使用后后续的代码生成一个基因集
## 使用GeneSet生成 GeneSetCollection时候,提供的genelist character 应该需要去重。
for (x in names(lst)) {
  lst[[x]] = unique(lst[[x]])}  ##去重的
gsc <- GeneSetCollection(mapply(function(geneIds, keggId) {
  GeneSet(geneIds, geneIdType=EntrezIdentifier(),
          collectionType=KEGGCollection(keggId),
          setName=keggId)}, lst, 
  names(lst)))

lst

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