1. 为什么要学习使用Linux系统？
官方解释：Linux优点：1.批量；2.高效；3.多用户
实际解释：90%生物信息学软件均在Linux上运行，不得不用，不得不学。
大部分服务器都是部署的Linux系统，因为Linux比windows更稳定。
2. 可视化vs命令行
服务器的标配不含显示器，图形界面会占用一部分算力，影响服务器工作效率，所以基本上使用命令行完成人机交流。
3. Linux系统目录结构
参考：【1】Linux 系统目录结构
Linux系统目录结构
/： 根目录
/bin：bin是Binary的缩写, 这个目录存放着最经常使用的命令。
/dev ：dev是Device(设备)的缩写, 该目录下存放的是Linux的外部设备，在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。
/etc：这个目录用来存放所有的系统管理所需要的配置文件和子目录。
/home：用户的主目录，在Linux中，每个用户都有一个自己的目录，一般该目录名是以用户的账号命名的。
/lib：这个目录里存放着系统最基本的动态连接共享库，其作用类似于Windows里的DLL文件。几乎所有的应用程序都需要用到这些共享库。
/usr： 这是一个非常重要的目录，用户的很多应用程序和文件都放在这个目录下，类似于windows下的program files目录。
/usr/bin：系统用户使用的应用程序。
/etc： 系统中的配置文件，如果你更改了该目录下的某个文件可能会导致系统不能启动。
/bin, /sbin, /usr/bin, /usr/sbin: 这是系统预设的执行文件的放置目录，比如 ls 就是在/bin/ls 目录下的。
值得提出的是，/bin, /usr/bin 是给系统用户使用的指令（除root外的通用户），而/sbin, /usr/sbin 则是给root使用的指令。
/var： 这是一个非常重要的目录，系统上跑了很多程序，那么每个程序都会有相应的日志产生，而这些日志就被记录到这个目录下，具体在/var/log 目录下，另外mail的预设放置也是在这里。
4. Linux文件操作
$cd #进入目录
$pwd #显示当前路径
$ls #显示文件及文件夹
$which #查询命令存储位置
$touch #创建文件
$mkdir #创建目录，重要参数-p
$mv #移动文件（夹）
$cp #复制文件（夹）
$rm #删除文件（夹），-r递归删除，-f强制删除
$ln #链接文件，相当于windows操作系统的“建立快捷方式”
“>”：重定向，配合cat命令可向文件中添加内容 Linux 中三种标准输入输出，分别是STDIN，STDOUT，STDERR，对应的数字是0，1，2。
- STDIN就是标准输入，默认从键盘读取信息；
- STDOUT是标准输出，默认将输出结果输出至终端，也就是显示器之类的东西；
- STDERR是标准的错误信息，默认也会显示在终端上。由于STDOUT与STDERR都会默认显示在终端上，为了区分二者的信息，就有了编号的0，1，2的定义，用1表示STDOUT，2表示STDERR。
“1> ” 输出重定向
“2> ” 标准错误信息重定向
参考：Linux 2>&1的意思
“&”：命令后台运行
nohup命令：不挂断的将命令执行到后台，即关闭Linux终端后，命令继续在服务器上执行。
5. Linux文本操作
$head #从头查看文件内容，默认显示最开始10行，-n设置显示行数
$tail #从文件末尾查看文件内容，默认显示最后10行，-n设置显示行数
$less #显示文件内容，-S一行输出，-N显示行号
$more #显示文件内容
$wc #查询行数
$cat #显示文件内容，-n显示行号
$cut #按列切割文件，-f取第几列，-d设置间隔字符
$tr #简单替换字符
$paste #将多行内容合并为一行
$sort #排序
$uniq #去重，-c统计出现次数
$grep #查找内容
$sed #查找替换
$awk #基础应用：按行打印内容，$0整行内容，$1第一列，$2第二列，以此类推
6. Linux系统命令
参考：【1】Linux查看CPU和内存使用情况
$df -h #查看硬盘情况
$free -m #查看linux系统内存使用量和交换区使用量
$top #实时显示系统中各个进程的资源占用状况，类似于Windows的任务管理器。
$ps -ef #标准格式显示进程
7. 环境变量
PS1：PS1是Linux终端用户的一个环境变量，用来定义命令行提示符的参数。
PATH：PATH说简单点就是一个字符串变量，当输入命令的时候LINUX会去查找PATH里面记录的路径
$echo #打印内容
8. Linux下的shell脚本
参考：【1】linux下的shell脚本（基本语法）
9. Linux在生物信息学中的应用
批处理文件
格式转换
……
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