Day3-linux环境下的软件安装

conda介绍

conda是linux系统下类似于应用商店的软件，还有升级版miniconda和anaconda

在服务器上安装miniconda

下载miniconda

下载地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
查看使用的服务器是多少位的：uname -a

image.png
然后下载对应版本的sh文件：
先用cd 目录名称进入下载文件放置的文件目录，然后用wget 下载链接下载相应的文件（链接在下载地址处复制）
image.png

安装miniconda

bash 文件名即可开始安装
安装过程中需要enter或回答yes的地方：（图片引自生信星球的教程）

image.png
安装成功：
image.png

激活miniconda

source ~/.bashrc
输入conda即可检验软件是否可用了

image.png

添加镜像

配置镜像网站可以加快conda里的下载速度

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

conda的使用

查看当前服务器上安装的所有软件列表

conda list

image.png

用conda安装软件

conda install 软件名
如安装fastqc软件：
conda install fastqc -y （安装过程中conda的问题全部回答yes）

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fastqc --help指令若输出帮助文字，则说明安装成功
image.png

卸载软件

conda remove 软件名
conda remove 软件名 -y

conda环境

不同的conda环境可以指定不同的软件及其版本使用

查看当前的conda环境：conda info --envs

image.png

e.g. 建立一个名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc和trimmomatic

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

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激活新的conda环境

conda activate 环境名

image.png

退出当前conda环境

conda deactivate