linux环境下的软件安装

• 下载linux的精华版应用商店Miniconda

Conda相当于linux中的app store，Miniconda则是作为生信er的基本应用商店

1. 首先谷歌找到Miniconda在清华的镜像

谷歌找到清华镜像网站.png

2. 接着进入后找到Miniconda的下载地址

下载地址.png

3.右键复制需要下载的链接

右键复制链接.png

查看服务器是多少位的uname -a

4. 下载软件

wget+链接

下载miniconda.png

• 安装Miniconda

1. bash

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash是什么？Bourne Again SHell（简称bash），是shell的一种，shell是将我们输入的命令与内核通信，好让内核可以控制硬件，提供用户操作系统的一个接口，在这里就相当于打开了该软件的安装界面。就像Windows里面双击exe文件一样。

bash.png

2. 按照提示进行

这里和windows装软件差不多，会给你一堆东西，感觉基本就是next or yes 就行了

安装成功.png

3. 激活

source ~/.bashrc 激活刚刚安装的conda
conda确认激活成功

激活成功.png

4. 安装路径

刚开始我以为切换到biosoft目录下以后直接会安装到该目录下，结果还是默认安装到家目录下，回头看代码的时候发现这里有更改安装路径的选项，默认是家目录。 安装路径.png

• 开始使用conda

1. 查看安装的所有软件

conda list

condalist.png

2. 安装需要的软件

conda install fastqc -y 安装fastqc
fastqc --help 查看fastqc内容
Q："-"和"--"的区别？
A：后面跟的选项如果单字符选项前使用一个减号-。单词选项前使用两个减号--

fastqc安装成功.png

3. 卸载不需要的软件

conda remove fastqc -y

卸载fastqc.png

• 如何为不同项目定制不同的conda环境

1. 首先查看conda有哪些环境

conda info --envs *为当前工作环境

查看当前conda环境.png

2. 创建新环境

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
创建一个名字为rna-seq的环境，python3为版本，同时下载fastqc trimmomatic这两个软件。（-n的意思是命名？name的首字母？）

创建新环境.png

3.激活新环境（让默认工作环境转移到新环境中）

conda activate rna-seq

激活新环境.png

4. 退出环境

conda deactivate

附今日思维导图

思维导图.png

写在最后的学习心得：为期两天的小组linux初始学习就已经结束了，作为想要做生信的人来说这些远远是不够的，刚开始做转录组数据分析的时候想要开始入手学习生信的时候觉得又是linux，又是R，甚至还包括Python这一类的编程语言，真的不知道从哪里入手，因为哪里都不会！！！因为要分析数据，所以老板给我报了两个相关转录组的班，但学会的就是copy代码。linux架构是完全没了解，但是想在生信道路上走得长远linux真的是任重而道远。希望坚持学好linux，让它成为我生活中不可缺失的一部分。