写在前面
这个包最终还是有人做了,前面的微生物中Wen Tao
&Yong Xin Liu
在Protein & Cell
IF 21.1
中发表了The best practice for microbiome analysis using R
建立了基于R语言微生物分析代码库EasyMicrobiomeR
包。此包也是很收纳了微生物中使用的R包和分析代码。对于微生物分析同学来说确实是很实用。
现在对于转录组的分析,又有大佬整合了相关的分析,常使用的分析代码和流程也收纳在里面。作者也提供了详细的流程,详情可以到包的帮助文档中查看。
EasyMicrobiomeR
论文网址:https://academic.oup.com/proteincell/advance-article/doi/10.1093/procel/pwad024/7147618?login=false
GitHub仓库:https://github.com/taowenmicro/EasyMicrobiomeR
可实现的功能
转录组分子综合包TOmicsVis
Github仓库:https://github.com/benben-miao/TOmicsVis
帮助文档:https://benben-miao.github.io/TOmicsVis/
可实现的功能
总结:常规分析是可以的完成的,预计作者后续还会不断增加。
往期文章:
1. 最全WGCNA教程(替换数据即可出全部结果与图形)
2. 精美图形绘制教程
小杜的生信筆記,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!
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