awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta
awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == ...
seqtk是李恒编写的一款能够快速处理fa/fq文件处理的神器,不仅能处理文本格式还能直接处理gzip压缩后的fa...
perl fq_all2std.pl fa2std 1.fa > 1.fastq wheresifq_all2st...
想对 fasta 或者 fastq 文件进行操作,首先就应该想到的软件。我一般用 seqkit[https://b...
需要的数据文件:ref.fa test_1.fq test_2.fq 测序数据质控(具体方法另做总结),由原始测序...
刘小泽写于18.12.27参考biostar handbook以及Wei Shen的SeqKit(处理fa/fq领...
有时需要知道某进程运行的时间或是否已经运行完成,比如我想知道我sra文件转换成fq格式的转化速度。以便我做好时间安...
1 原始材料准备 双端测序材料: R1.fq R2.fq参考基因组: MH63.fa基因组注释文件: gff gf...
## 单末端测序数据,非压缩格式fastp -i in.fq -o out.fq## 双末端测序数据,gzip压缩...
一、处理fq/fa数据的2个瑞士军刀 1、Seqtk(Li Heng):(https://github.com/l...
本文标题:fq转换成fa格式
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