今天要用下 IGV，查看 bam 需要有索引，所以记录下方法吧。
使用 xargs
ls *.bam | xargs -n1 samtools index
# 或
ls *.bam | xargs -i samtools index {} # Mac 上好像不支持 -i 选项
使用 parallel
ls *.bam | parallel samtools index '{}'
参考：
今天要用下 IGV，查看 bam 需要有索引，所以记录下方法吧。
使用 xargs
ls *.bam | xargs -n1 samtools index
# 或
ls *.bam | xargs -i samtools index {} # Mac 上好像不支持 -i 选项
使用 parallel
ls *.bam | parallel samtools index '{}'
参考：
本文标题：使用 samtools 批量构建 bam 索引
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