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GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化。 软件安装 下载GATK 目前最新版是4.1.9...
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化。 软件安装 点击此处 查看最新版本 GATK 简...
GATK官方提供了一个SNP过滤的标准,howto-apply-hard-filters-to-a-call-se...
得到vcf文件后,则需对其snp进行过滤,先对几种简单方法进行汇总 1. 第一步粗过滤 若使用GATK进行call...
本次使用bcftools call SNP 按以上流程跑完后,vcf文件没有call 出任何SNP。 bcftoo...
一、SNP分析内容(包括但不局限):①call SNP的软件——freebayes;②计算全部SNP数量;③平均多...
原文地址: SNP Filtering Tutorial 接「博客翻译」SNP过滤教程(一) FreeBayes输...
1)VCF格式简介 VCF格式:Variant Call Format,是用于表示SNP, indel, 和 st...
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[https://www.jia...
本文标题:GATK4.1 call SNP 和过滤
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