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随笔 | 「生物软件开发」一把死锁

随笔 | 「生物软件开发」一把死锁

作者: 生信石头 | 来源:发表于2023-09-08 10:42 被阅读0次

    「生物信息」概念被提出已有许多年,可以说比我年龄大了许多。但到底是什么,不同人有不同定义。尤其自高通量测序出现,对于生物信息来说,有一大波变化。而我时常与相似背景的朋友提及,我们其实都是吃了这一波红利。不然也保不齐现在如何,当然以我们的努力程度,做其他估计也不会很差。
    总的来说,我个人觉得搞「生物软件」或者「生信软件」开发或许也可以算生物信息的范畴。但至于科班的定义,就不太清楚了。从做生物学问题挖掘的角度来说,我们肯定是需要一些好用的「生物软件」。诸如现在各式各样的变异检测,比较基因组云云,如何更好地探索数据,是一个问题。
    我们需要好用的工具,但是没有人开发出来过;我们有许多想要的功能,许多想法,但是我们不可能抽出时间开发,因为我们是做生物学问题挖掘的,做生物信息学在生物学研究上的应用的,分析好当前的数据就足够了,开发一款软件往往显得本末倒置。绝大多数人与我们一样,所以这是一个死锁。
    绝大多数人都需要,但是绝大多数人都不会去做,也不愿意去做,甚至不可能去做。因为,这也是一个事实,我们还有更重要的事情去做。
    从单一项目的角度来说,没有错,因为项目只有3~5年;从个人事业的角度来说,也没有错,因为很可能软件开发出来,人生的一个阶段也就结束了;但是从整体科研工作人员需要来说,又是否值得?
    我们有很多更重要的事情要做,哪个更重要,如何去平衡,如何去权衡。这是一个问题。
    有些人可能会问,为什么就不可能找人合作,你们完全可以交叉学科。但这么问的朋友往往没有交叉过。很多时候,不同领域的人,理念难以统一,看问题的角度不一样,好时是1+1>2,不好时是1+1<1。「生物软件」需要做生物的人来开发,因为做生物的人才能真正理解做生物的人想要什么,期望怎么用。当然,我并不是反对交叉,反而我支持交叉,只是如何交叉,是一个问题。尤其在,是生物主导开发为辅,还是两者并重,或者生物为辅开发为主?这个难以定夺。再换个角度来看,从专业和领域的热度来说,从项目的资助角度来说,生物主导开发为辅?可能性低,因为开发往往有更高的热度拿到更好的项目。甚至,其实并不需要拿项目,做开发的常常是工程化思想,考虑的是纯粹应用可能性和产品转化效率。这个本身跟做生物软件开发的出发点不同,终点也不同。于是问题就会出现。所以还是要做生物的人自己来开发生物软件。而做生物的哪里有时间去折腾这些?除了一些奇葩的人喜欢做旁门左道不是?
    回到主题,
    最后,「生物软件开发」是的,就是一把死锁。很多人都需要一些好用的软件,但是没有人愿意去做这些软件。在未来很长一段时间,大伙继续用斧头砍树,很难出现电锯,因为没有人愿意开发,我们也不愿意,我们还有更重要的事情要去做。那怎么办?自然是等,等,等,等到有一天,搞开发的人发现,我把马达做好了,加上锯齿片,是不是就可以拿来“砍树”?但是,这个是多久以后的事情?谁知道呢。领域往前走,硬件很重要,软件也很重要。最后,是自己开了这把锁,还是别人来锯开?
    PS:我还是要补充一下,总有一些人在试图自己开锁,与大伙共勉!

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