将测序文件中间文件夹去掉

拿到公司测序文件后，发现文件夹中间有一个名字没有规律的文件夹，给后面的分析带来了很大的困扰，

image.png

使用cp 命令

ls /public/home/lianglunping/data/hhz1/* >id1
cat id1 |while read id 
do
cp -r W211207027_51ea/${id}/* hhz1/${id}
done 

去掉了中间文件：

image.png

接着将测序的双端文件改成同样本名一样的格式：

cat id |while read id 
do
mv ${id}/*_1.fq.gz  raw/{id}_1.gz
mv ${id}/*_2.fq.gz  raw/{id}_2.gz
done