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最后一课准备----Xenium生态位与微环境分析

最后一课准备----Xenium生态位与微环境分析

作者: 单细胞空间交响乐 | 来源:发表于2024-08-18 10:55 被阅读0次

作者,Evil Genius

时间很快,马上要最后一课了。

生活总是很多不如意,但总是要往前走的,不是么。


我们已经讲了很多内容了,大家要灵活运用,所有分析都是自己慢慢总结出来的,也是和客户不断沟通,抓住客户分析痛点的一些总结。大家如果是自己课题组做了单细胞空间的测序,要自己分析的话,先要对数据有一个全面的了解,针对自己的数据设计一个大致的方案,不需要很细,有方向即可,然后依据课上的个性化分析点,有针对性的分析即可。

强调一下我不是专门做培训的人啊,也是不能以此为主业的,还是要做牛马的,所以我还是要认真做项目,大家以后如果跟我一样不再是一线的时候,个人前景和公司发展就基本绑定在一起了,只有公司有发展,个人才有前景,所以我们这些人都是想尽办法为公司带来业绩,我作为生信分析的角色,就是提供高质量的分析服务,满足客户的分析需求,客户如果认可分析能力,自然对业绩有帮助。

我的领导是国内浙江大学博士毕业,德国慕尼黑大学留学回国的,他经常强调的两点就是,一要有自信,这个主要体现在公司自我评测的时候,他不允许自我评价的时候自己都觉得自己不行,100分自己还要扣几分;第二点就是强调集体感,公司如果发展受阻,甚至倒退,个人还怎么体现价值?果然很有德国那种务实的作风,覆巢之下安有完卵。


原位数据(Xenium)最直观的分析,就是细胞的状态,例如空间分布和聚集程度


一般都是用网络结构来展示的

niche分析是任何空间数据,永恒的话题



细胞分割,离大家可能比较远,但离我很近,以后大家有可能会从事图像识别等方面的工作

邻域分析,也就是微环境分析,也是空间必做的分析点。


还有空间轨迹

现在来看,空间的文章发表的并不多,且几乎都是高分文章,visium大约500多篇,真正实验类的文章300多篇,HD没有,但是像华大这样的高精度平台也有大约不到100篇,高通量的原位,文章也很少,都是机会,如果大家手里有空间数据,并且需要分析发文章,绝对是极佳的机会。

生活很好,有你更好

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