微生物组学中的相关

1    pearson, spearman和kendall是常用的三个计算相关系数的方法。这些方法都可以用过R的cor.test来进行计算。

2    Hmisc包的rcorr可以计算matrix之间两两的相关系数。

3    ppcor可以计算偏相关系数。

4    mentel.rtest可以计算矩阵之间的相关。

5    RDA和CCA可以计算“环境因子”与matrix之间的相关关系。

6    adonis、anosim、envfit可以计算变量与matrix之间的关系。

7    SparCC、SPIEC-EASI可以计算matrix之间内部的相关关系，并形成菌群的拓扑结构。