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已解决:samtools和sambamba报错

已解决:samtools和sambamba报错

作者: 小狼小狼_e211 | 来源:发表于2021-06-09 09:28 被阅读0次

    samtools报错
    现在samtools的版本已经在1.9以上了,但是conda安装的samtools版本依然是1.7,这是出现问题的根本原因。

    (ERR): Description of arguments failed!
    Exiting now ...
    samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory
    samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory
    
    sambamba 0.7.1
     by Artem Tarasov and Pjotr Prins (C) 2012-2019
        LDC 1.20.0 / DMD v2.090.1 / LLVM7.0.0 / bootstrap LDC - the LLVM D compiler (0.17.6)
    

    解决办法:
    https://github.com/merenlab/anvio/issues/1479

    (py38) vip9t07@tpm9-desktop:~/project/atac/align$ conda install -c bioconda samtools=1.12 --force-reinstall
    

    然而这条路注定不平坦
    解决samtools报错之后sambamba又撂挑子了

    (py38) vip9t07@tpm9-desktop:~/project/atac/align$ sambamba
    sambamba: error while loading shared libraries: libphobos2-ldc-shared.so.81: cannot open shared object file: No such file or directory
    

    参考conda 环境变量conda管理C源代码程序的时候总是出现库文件冲突或者缺失杀手海王的博客-CSDN博客

    (py38) vip9t07@tpm9-desktop:~/project/atac/align$ conda install sambamba=0.6.6
    

    解决

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