美文网首页
用VSCode Jupyter 学习Scanpy ——环境准备

用VSCode Jupyter 学习Scanpy ——环境准备

作者: 米妮爱分享 | 来源:发表于2020-12-18 12:45 被阅读0次

    我用的python 编译工具为 vscode,不会用留言,教大家用,哈哈
    学习Scanpy , 先给它配个虚拟环境吧
    vitrualenv sc_learnp

    创建虚拟环境
    启动虚拟环境

    在虚拟环境下安装所需要的python 包
    直接
    pip install pandas
    pip install sc
    pip install scanpy
    pandas 的依赖包 Numpy 装 1.19.3, 要不然报错 ,安装pandas 时自动安装最新,运行报错的话需要卸掉 再重装
    pip uninstall numpy
    pip install numpy==1.19.3

    Numpy 1.19.3 版本

    创建学习目录和下载学习数据吧,参考 官网
    https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html

    学习需要看图,在vscode 上用 Jupyter 哦,方便交互看图学习
    按 ctrl+ shif + p ,选择create New Blank Jupyter Notebook


    新建jupyter notebook

    新建的jupyter 一定要切换成虚拟环境下的 python哦 


    Jupyter 的python切换
    选择刚才我们新建的虚拟环境
    Jupyter 切换到虚拟环境的pyhon

    如果没有发现我们刚才新建的虚拟环境,不要慌,我们可以设置哈
    到vs code 中选择setting,


    设置 setting 

    输入 json


    搜索
    点击 settings.json 修改setting
    把画框的红色路径修改为刚才新建的虚拟路径保存重启后,新建jupyter ,再点击Jupyter的python切换,就可以看到我们新建的虚拟环境的python 路径了,选择它哦,vscode会提示还需要装 ipykernel ,
    pip install ipykernel
    就行
    安装ipykernel

    然后测试环境是否成功,运行成功,学习环境就准备好了哈


    运行

    开始学习的学习环境文件要准备好


    新建文件

    相关文章

      网友评论

          本文标题:用VSCode Jupyter 学习Scanpy ——环境准备

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/yhyxnktx.html