我用的python 编译工具为 vscode,不会用留言,教大家用,哈哈
学习Scanpy , 先给它配个虚拟环境吧
vitrualenv sc_learnp
启动虚拟环境
在虚拟环境下安装所需要的python 包
直接
pip install pandas
pip install sc
pip install scanpy
pandas 的依赖包 Numpy 装 1.19.3, 要不然报错 ,安装pandas 时自动安装最新,运行报错的话需要卸掉 再重装
pip uninstall numpy
pip install numpy==1.19.3
创建学习目录和下载学习数据吧,参考 官网
https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html
学习需要看图,在vscode 上用 Jupyter 哦,方便交互看图学习
按 ctrl+ shif + p ,选择create New Blank Jupyter Notebook
新建jupyter notebook
新建的jupyter 一定要切换成虚拟环境下的 python哦
Jupyter 的python切换
选择刚才我们新建的虚拟环境
Jupyter 切换到虚拟环境的pyhon
如果没有发现我们刚才新建的虚拟环境,不要慌,我们可以设置哈
到vs code 中选择setting,
设置 setting
输入 json
搜索
点击 settings.json 修改setting
把画框的红色路径修改为刚才新建的虚拟路径保存重启后,新建jupyter ,再点击Jupyter的python切换,就可以看到我们新建的虚拟环境的python 路径了,选择它哦,vscode会提示还需要装 ipykernel ,
pip install ipykernel
就行
安装ipykernel
然后测试环境是否成功,运行成功,学习环境就准备好了哈
运行
开始学习的学习环境文件要准备好
新建文件
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