GenVisR基因组数据可视化实战(四)

之前练习的图在这里，今天接着学习，

GenVisR 基因组数据可视化实战 (一)

GenVisR 基因组数据可视化实战(二)

GenVisR 基因组数据可视化实战(三)

4. TiTv，转换颠换的图。

数据：MAF文件就可以。

代码：

```

# TCGA结果，399个样本：

TvTi(maf_file, lab_txtAngle = 90, fileType = "MAF")

# 我的结果：

TvTi(my_maf, fileType = "MAF")

```

结果：

TCGA结果：

my_maf的结果：

5. cnSpec

需要这样的数据：

```

cnSpec(LucCNseg, genome = "hg19")

```

“hg38”, “hg19”, “mm10”, “mm9”, “rn5”.

6. cnView

准备数据：

代码：

```

# Create data

chromosome <- "chr14"

coordinate <- sort(sample(0:106455000, size = 2000, replace = FALSE))

cn <- c(rnorm(300, mean = 3, sd = 0.2), rnorm(700, mean = 2, sd = 0.2), rnorm(1000, mean = 3, sd = 0.2))

data <- as.data.frame(cbind(chromosome, coordinate, cn))

data

# Call cnView with basic input

cnView(data,              chr = "chr14", genome = "hg19", ideogram_txtSize = 4)

```

图：

画平均线就需要这样的信息：

```

# create segment data

dataSeg <- data.frame(chromosome = c(14, 14, 14), start = coordinate[c(1, 301, 1001)],

                      end = coordinate[c(300, 1000, 2000)], segmean = c(3, 2, 3))

dataSeg

cnView(data, z = dataSeg, chr = "chr14", genome = "hg19", ideogram_txtSize = 4)

```