前面给大家介绍过一个零代码的网页工具VennDetail,全程不需要一行代码,只需点一点鼠标就能得到精美图片。
VennDetail的网址如下:
http://hurlab.med.und.edu:3838/VennDetail/
venndetail可以绘制三种不同类型的图来展示数据集之间的交集情况。
类型一、韦恩图
类型二、韦恩饼图
类型三、upset图
并且还能导出所有数据集之间具体的交集是什么类容。
关于这个工具的使用方法,小编前面已经给大家介绍过
并且还通过详细的视频给大家介绍过如何使用,以及每一种类型的图怎么来看,怎么解读。
☞韦恩图绘制工具venndetail(一)界面介绍及文件导入
☞韦恩图绘制工具venndetail(二)绘制venn图详解
☞韦恩图工具venndetail(三)绘制vennpie详解
仔细看过视频的小伙伴应该会发现,网页版本的这个工具,在导出upset的pdf图的时候是空白,这个可能是这个工具的一个bug。这样就没办法将这张图放到文章中去了。今天小编带大家来解决这个问题,其实VennDetail这个工具也有本地版本,就跟我们前面介绍过的一个做差异表达分析的工具,DEApp(https://yanli.shinyapps.io/DEApp/)一样,除了有网页版本以外,也有本地版本☞零代码TCGA差异表达分析。至于已经有了网页版了,我们为什么还要使用本地版,我在☞DEapp(差异表达分析)本地版——自由飞翔一文中介绍过几点原因。
下面我们就来看看这个本地版本的VennDetail,这个工具也是基于R的shiny来写的,☞Shiny-R语言轻松开发交互式web应用。所以你会看到文件夹中有两个R脚本,一个ui.R里面写了应用的界面,server.R里面写了后台运行的代码。小编稍微修改了一下原作者的代码,修复了导出pdf为空白的问题。
使用起来也是很简单,先改变工作路径到VennDetail-Shiny这个文件夹下面,然后运行下面两行就可以跳出界面了。
library(shiny)
runApp()
当然这里还需要注意一下,要使用这个App,事先还需要安装依赖的R包,如下。如果不知道怎么安装R包的小伙伴可以参考☞windows下安装R和Rstudio还有☞单细胞数据分析相关R包安装
library(VennDetail)
library(DT)
library(ggplot2)
library(grid)
library(tidyverse)
接下来的操作过程就跟网页版本的一样了,这里就不在赘述了,可以参考前面提到的
还有视频讲解
☞韦恩图绘制工具venndetail(一)界面介绍及文件导入
☞韦恩图绘制工具venndetail(二)绘制venn图详解
☞韦恩图工具venndetail(三)绘制vennpie详解
最终就能得到三种发表级的韦恩图
特别是upset这张图,网页版本的venndetail导出是空白,小编修改过的本地版可以很好的解决这个问题。
完整的本地VennDetail工具获取方式☟☟☟。
参考资料:
☞韦恩图绘制工具venndetail(一)界面介绍及文件导入
☞韦恩图绘制工具venndetail(二)绘制venn图详解
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