Day3-Weno

今天主要是学习软件安装-Linux环境下的软件安装

简单介绍一下概念

-conda是大Boss，最初为管理python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。

-anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙

-miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域

准备工作

• 检查putty中有没有bzip2，如果没有，就输入yum install -y bzip2进行安装
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下载miniconda 链接是花花给的：https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装miniconda

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激活

添加国内镜像

使用conda

• 查看当前所有软件列表 conda list
  

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• 搜索软件 conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】
  

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• 安装软件conda install fastqc -y
  

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• 卸载软件conda remove fastqc -y

conda 环境的学习（以下文字描述摘自生信星球）

1.先查看当前conda有哪些环境 conda info --envs (前面带*的就是默认的)

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2.比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

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3.创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base
我们该激活新的conda环境了source activate rna-seq ，这时默认的*就会转移到rna-seq前面；
另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;

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接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（了解一下：其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看，虽然，，并不需要仔细看，就是给你提供下安全感而已）

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4.如何卸载一个环境中的软件

• 卸载某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
• 全部卸载，也就是卸载这个环境conda remove -n rna-seq --all
• 注意：最后卸载环境的时候，需要先退出当前环境，因为自己肯定不能把自己删除吧