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bootstrap Cullis 遗传力标准误

bootstrap Cullis 遗传力标准误

作者: 董八七 | 来源:发表于2018-12-20 10:39 被阅读15次

    利用Cullis的方法计算遗传力时,不能直接得到标准误,可以使用bootstrap。但对ar模型该怎么处理?

    library(boot)
    rsq <- function(data, indices) {
      datain <- data[indices,]
      op_asr <- asreml(ht ~ REP,
                       random = ~ FEMALE + REP:PLOT,
                       data = datain)
      op_var <- summary(op_asr)$varcomp
      g <- op_var$component[1]
      predmodelop <-predict(op_asr,classify="FEMALE")
      hc <- 1-(predmodelop$avsed^2/(2*g))
      return(hc)
    }
    
    # set.seed(1234)
    results <- boot(data=op, statistic=rsq, R=100)
    
    plot(results)
    print(results)
    # ORDINARY NONPARAMETRIC BOOTSTRAP
    # 
    # 
    # Call:
    #   boot(data = nin89, statistic = rsq, R = 100, parallel = c("multicore"))
    # 
    # 
    # Bootstrap Statistics :
    #   original     bias    std. error
    # t1* 0.9367544 -0.4409224  0.09130884
    ## bias是original和bootstrap得到的均值的差
    

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