批量获取SCI文章的期刊全名

一些杂志的reference需要使用引文期刊全称，而非简写。在此，写一个程序批量获取这些信息。

library(httr)
library(XML)

#endnote中各引文的PMID可以通过设置自定义output style获取：设置只输出PMID的output style，然后选中引文，选择File->export->选择自定义的output style，导出即可
test<-c(14206420,
        1269826,
        6893401,
        8600391,
        8600390,
        9704408)
journal_info<-data.frame()
for(i in test){
  
  pmid <- i
  url <- paste0("https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&retmode=xml&id=", pmid, "&rettype=medline")
  
  # 发送请求
  response <- GET(url)
  
  # 解析XML数据
  doc <- xmlTreeParse(rawToChar(response$content), useInternal = TRUE)
  
  # 寻找期刊全称和缩写
  journal_titles <- xpathSApply(doc, "//Journal/Title", xmlValue)
  journal_abb<-xpathSApply(doc, "//Journal/ISOAbbreviation", xmlValue)
  # 打印期刊全称
  if (length(journal_titles) > 0) {
    cat("期刊全称:", journal_titles[1], "\n")
  } else {
    cat("未找到期刊全称\n")
  }
  
  journal_info_sub<-data.frame(title=journal_titles,abb=journal_abb)
  journal_info<-rbind(journal_info,journal_info_sub)
}

view(journal_info)

输出如下图：

image.png

最后保存的journal_info对象的内容：

image.png

另附一份在endnotes中设置output style为期刊全称的教程：https://zhuanlan.zhihu.com/p/348893991