在《爱弥儿》中，卢梭依照儿童身心发展的过程，将自然教育分为四阶段，针对各阶段的特点，提出理想的教育方针。
第一个阶段是出生到2岁阶段的幼儿期。卢梭认为教育在人一出生便随之开始，父母都不能找任何借口免除负起亲自教养孩子的责任。由于这时期身体刚发育，只有感觉能力，还没有思考能力，甚至还没意识到自己的生命。因此，教育的任务在于身体和感官的锻炼，这时父母(负责此时期的教育工作者)应该使新生儿充分伸展四肢，让他自由活动，尽情地做能力所及的事，注意饮食的营养，效法动物于大自然的生活方式，以节欲( temperance)和劳动( industry)锻炼强壮的体格，为发展思考能力做准备。因为理性只有在生下来后若干年，以及身体有了一定的坚实性后才能形成。简言之，应依次让幼儿使用视觉、触觉、听觉，去体验周遭事物，特别注意不要让孩子养成假手他人，或命令他人做事等等任何不良习惯。
第二阶段是3岁到12岁的儿童期，教育重点在于感觉教育。此时儿童仍处于透过感觉能力与感官经验，获取知识的发展阶段。教师应提供各种写生、制图、歌唱等来开发感官的潜能。同时，由于没有体会过痛苦的人就无法体会人类的爱和怜悯因而他将成为人类社会中的异类，无法成为一个快乐的人。为了要儿童真正感到愉快，就必先让他体会些微小的痛苦。因此，应运用自然惩罚的方法，让他体会行为与结果间的关系，自然养成符合道德的好习惯。
第三阶段是13岁至15岁的少年期，这时生理上的发展已臻成熟，感觉能力与感官经验已有基础，是人发展理性思考的重要时期，故在重视劳动教育之余，应开始进行心智的教育。劳动教育以农业与手工业为最好的选择，除了让孩子学会生活和工作的技能外，应让他了解劳动的重要性，培育独立自主并重视自己自由的性格。至于智育方面，在于透过趣味又实用的内容，引发探索事物的好奇心，增进对自然万事万物的求知欲和理解力，学会科学探究的方法，掌握实用的知识。教育的重点不在于教会孩子各式各样的知识，而在于教会他获得知识的方法，以及热切追求真理的心。
第四阶段是16岁到20岁的青春期，这是脱离儿童期的关键时刻。由于在生理上与精神上都有明显的变化，尤其是情欲方面的困扰，应顺应自然的发展与欲求坦然而真确地回答孩子的疑问。教师应采用个别指导的方式，让青年体验人类的苦难，培养对他人的同情心，锻炼实践道德的良善意志，并藉由阅读伟人传记与研究历史，建立对生命的正确观念。此外，也应使青年藉由对自然万物的感觉和体验，探究并认识自然宇宙的创造者。如此，孩子无论在身体或精神上皆因自然教育的锻炼而日渐成熟，有能力观察社会的不公平和发现人间的苦难时，他便能抵御文明社会的各种诱惑与伤害。因此，卢梭特别强调教育者要等待，等到小孩子闪耀出理性的最初光芒——教育者靠它的帮助来培养儿童的性格，而当理性没有发展的时候，真正的教育是不可能产生的。
综合言之，大自然按照其方式提供儿童成长的各种因素，我们是不能违反它的规律的。而好教师应是一个做父亲的或受过良好教养的人，他是遵照自然精神，了解人自然发展的过程，依儿童不同的发展阶段而扮演不同角色，给予孩子最适切的教育专业者。
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