Seq Logo

https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/103318532
https://www.plob.org/article/12630.html

所属包：ggseqlogo

ggplot() + geom_logo(data=, namespace=, method=, stack_width=) + theme_logo()

• 1. namespace= : 字符串，字母的范围，可以随意更改要展示的字母，但是这个参数要包括要展示的字母
• 2. method= : y轴的单位，包括bits和probability两种，默认为bits
• 3. stack_width= : 字母的宽度，介于0和1之间的数，默认是0.95

1. 基础绘图

> kk <- matrix(1:30, nrow = 5)
> rownames(kk) <- LETTERS[1:5]
> colnames(kk) <- 1:6

> kk
  1  2  3  4  5  6
A 1  6 11 16 21 26
B 2  7 12 17 22 27
C 3  8 13 18 23 28
D 4  9 14 19 24 29
E 5 10 15 20 25 30

> ggplot()+geom_logo(kk, namespace=LETTERS, method="bits", stack_width=0.75)+theme_logo()  #示例一

示例一

2. 改变配色

> color_list <- make_col_scheme(rownames(kk), cols=c("red","blue","green","pink","orange"))  '#构建新配色

> ggplot()+geom_logo(data=kk, namespace=LETTERS, method="bits", stack_width=0.75, col_scheme=color_list)+theme_logo()  #在绘图中使用新配色，示例二

示例二