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DESeq2安装避坑

DESeq2安装避坑

作者: 云养江停 | 来源:发表于2021-08-31 11:29 被阅读0次

    DESeq2在R-studio上的安装非常让人自闭,具体可参考徐洲更老师的R语言安装介绍https://www.bilibili.com/video/BV19p4y1i7Zb?from=search&seid=2717757288900359126

    #安装DESeq2包;
    BiocManager::install("DESeq2")
    #载入DESeq2包;
    library(DESeq2)
    

    输入矩阵数据(mycounts),行名为sample,列名为gene;对照组在前,实验组在后DESeq2不支持无生物学重复的数据,数据应是htseq-count的结果,如果是RSEM定量结果,要对count data取整,因为DESeq2包不支持count数有小数点,需要round取整。

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