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ShinyUpSetR-你也可以搭建自己的集合图可视化平台

ShinyUpSetR-你也可以搭建自己的集合图可视化平台

作者: Davey1220 | 来源:发表于2020-09-25 20:59 被阅读0次
    image.png

    下载ShinyUpSetR的docker镜像并进行配置

    可以在我的github上下载相应的安装包和docker镜像。

    image.png
    # 使用git clone下载安装包
    git clone https://github.com/dongwei1220/shiny-upsetr.git
    # 如果下载不成功,也可以从我的gitee上进行下载
    git clone https://gitee.com/dongwei1220/shiny-upsetr.git
    Cloning into 'shiny-upsetr'...
    remote: Enumerating objects: 21, done.
    remote: Counting objects: 100% (21/21), done.
    remote: Compressing objects: 100% (20/20), done.
    remote: Total 21 (delta 5), reused 0 (delta 0), pack-reused 0
    Unpacking objects: 100% (21/21), done.
    
    # 使用docker构建docker镜像
    # 进入shiny-upsetr文件夹中
    cd shiny-upsetr
    # 查看当前文件夹下的文件
    ls
    app/  Dockerfile  LICENSE  README.md  run.sh
    
    # 使用docker build命令基于Dockerfile构建upsetr镜像
    # 此处可能需要一定的时间构建docker镜像
    # -t参数指定镜像的tag name
    docker build -t upsetr .
    ...
    ...
    ...
    Removing intermediate container 580a365e4a93
     ---> 02e00238ef86
    Step 5/8 : COPY app /srv/shiny-server/app
     ---> 0a340e9ec650
    Step 6/8 : RUN chmod -R 755 /srv/shiny-server/
     ---> Running in b010565682f5
    Removing intermediate container b010565682f5
     ---> 3059ff49959d
    Step 7/8 : EXPOSE 3838
     ---> Running in cdc15264b1c9
    Removing intermediate container cdc15264b1c9
     ---> 6c8cb62ad726
    Step 8/8 : CMD ["R", "-e", "shiny::runApp('/srv/shiny-server/app', host='0.0.0.0', port=3838)"]
     ---> Running in 5da4dd03a6bc
    Removing intermediate container 5da4dd03a6bc
     ---> 2acd4f8c297a
    Successfully built 2acd4f8c297a
    Successfully tagged upsetr:latest
    
    # 构建成功后,可以使用docker images命令查看当前存在的镜像
    # 可以看到构建好的upsetr镜像
    docker images
    REPOSITORY                    TAG                 IMAGE ID            CREATED             SIZE
    upsetr                        latest              2acd4f8c297a        5 minutes ago       1.86GB
    rocker/shiny                  latest              64b40e627144        8 weeks ago         1.54GB
    ubuntu                        16.04               657d80a6401d        12 months ago       121MB
    
    # 使用docker run命令运行upsetr镜像搭建自己的集合图可视化平台
    docker run --rm -p 3838:3838 upsetr
    

    镜像运行成功后,在你的浏览器上输入自己的ip地址和端口(http://localhost:3838)即可查看搭建好的ShinyUpSetR应用。

    当然,你也可以通过以下链接使用ShinyUpSetR应用:

    https://dongwei.shinyapps.io/upsetr/

    https://hiplot.com.cn/advance/upsetr

    在此,特别推荐一下我们的Hiplot绘图平台。为了使更多的科研工作者快速做出高端大气的科研图表,并能够加入到hiplot开发小组和成长计划中。经团队商量决定:从即日起,hiplot网站开放免费注册,不再需要邀请码,小伙伴们还在等什么,快点注册吧!

    image.png

    注册网址:https://hiplot.com.cn/signup

    科研绘图神器—hiplot,是2020年7月19日openbiox联合科研猫郑重推出的全网首个开源绘图平台,目前提供基于R语言的60余种基础可视化和50余种进阶绘图的功能,同时还部署了多个 openbiox社区项目(如bget下载文献附录、UCSCXenaShiny 等)。

    截止目前,网站的总访问量大约 7 万余次,在免注册使用大部分可视化插件,以及仅开放教育用户和邀请注册的情况下,已有正式注册用户千余人,日均访问量千余次。

    ShinyUpSetR的使用

    整个应用平台主要分成以下三个部分:输入控制区,参数调整区和可视化绘图区。可以通过调整不同的参数进行交互式地可视化展示,并提供下载相应的pdf矢量图图片和数据集的展示与下载。

    image.png

    查看数据集并进行下载。

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