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蛋白组学数据的分析是肿瘤病理生理学领域常用的手段之一，在TCGA项目中，广泛使用了反相蛋白芯片reverse-phase protein arrays(RPPA)技术来进行肿瘤蛋白质组的研究。
通过该芯片， 能够有效分析多种标记蛋白在样本中的表达量及其变化趋势，是一种经济高效的肿瘤蛋白质组学研究手段。通过整合来自TCGA和几个独立的肿瘤研究项目的RPPA芯片数据，提供了一个肿瘤蛋白质谱数据中心TCPA, 方便科研工作者查看，分析和可视化蛋白质芯片数据。文章发表在nature methods上，链接如下
https://www.nature.com/articles/nmeth.2650
网站链接如下
http://tcpaportal.org/tcpa/
数据分成了下图所示的两个部分
Patient Cohorts用于查看不同肿瘤样本中的蛋白质芯片数据，Cancer Cell Lines用于查看不同细胞系中的蛋白质芯片数据。这两个模块的结构是类似的，以肿瘤样本中的蛋白芯片数据为例，分成了4大模块
1. summary
这部分展示不同肿瘤中包含的样本个数，蛋白质种类等信息，示意如下
2. My protein
这部分可以查看RPPA芯片上的所有标记蛋白在不同肿瘤中的表达情况，以箱线图进行展示，示意如下
3. Analysis
这部分展示蛋白芯片的数据分析结果，包含了以下3种分析内容
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Correlation Analysis
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Differential Analysis
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Survival Analysis
Correlation Analysis表示两种蛋白间的相关性，结果示意如下
Differential Analysis表示差异分析，结果示意如下
Survival Analysis表示生存分析，结果示意如下
4. Visualization
包含了以下两种可视化方式
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Network Visualization
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Heatmap Visualization
该网站的数据是可以免费下载的
勾选自己需要下载的数据集即可。通过该网站，可以方便地对TCGA的蛋白质芯片数据进行挖掘。
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