美文网首页TCGA数据分析
通过GDC Legacy Archive下载TCGA原始数据

通过GDC Legacy Archive下载TCGA原始数据

作者: 生信修炼手册 | 来源:发表于2019-08-22 17:29 被阅读3次

    欢迎关注”生信修炼手册”!

    在2016年之前,TCGA项目的相关结果文件存放在CGhub和TCGA Data Coordinating Center简称DCC提供的TCGA Data Portal中,当时的结果是以hg19或者hg18为参考得到的。

    在DCC中,将数据划分为了3个等级。level 1代笔原始的,未经处理的数据的,比如芯片下机数据;level2 代表处理的中间结果,比如测序深度对应的wig文件;level 3 代表处理完成后的最终结果,比如基因的定量结果。

    2016年之后,CGhub和DCC相继关闭,所有的数据统一迁移到现在用的GDC数据库,而且通过GDC的pipeline将原有的结果转换为hg38参考基因组版本。目前在GDC中检索到的结果都是经过了GDC pipeline处理过后的,从这里也可以看出,迁移到hg38是一个大的趋势。

    当然目前使用hg19的还是挺多的,如果你需要基于hg19版本的TCGA数据,在GDC中也可以找到。其实GDC中的数据可以分为以下两个部分

    1. GDC harmonized data

    2. GDC legacy archive

    在R包TCGAbiolinks中,介绍了二者的区别,如下图所示

    第一部分就是默认使用的基于hg38版本的数据,第二部分则是对原始的TCGA结果的一个存储,通过GDC首页的GDC APPs, 可以找到CDC Legacy Archive的入口,链接如下

    https://portal.gdc.cancer.gov/legacy-archive

    在左侧的面板可以根据相关属性对Cases和Files进行筛选,Cases相关的属性如下

    Files相关的属性如下

    数据的下载方式和前面文章中介绍的相同,这里不赘述,从文件名称可以看到对应的level, 不同level的文件示意如下

    1. level1

    通过Data TypeRaw intensitites进行筛选,得到芯片的原始数据, 示意如下

    2.  level2

    通过Data TypeCoverage WIG进行筛选,得到比对的测序深度数据, 示意如下

    3. level3

    通过Data TypemiRNA gene quantification进行筛选,得到miRNA表达定量数据, 示意如下

    通过GDC Legacy Archive, 可以找到基于hg19的数据结果文件,但是由于相关的网站已经关闭,无法确认该数据分析的pipieline等细节信息,所以需要谨慎使用。

    ·end·

    —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

    扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!

    相关文章

      网友评论

        本文标题:通过GDC Legacy Archive下载TCGA原始数据

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/qfrosctx.html