TCGA学习——GTEX expect_count数据下载

今天学习了使用R语言从UCSC XENA 数据库下载GTEX数据的方法（ps：打不开GETX网站，郁闷！只能曲线救国了。）
废话不多说，直接代码走起！

###下载数据   GTEx网站打不开，试一试UCSCXenaTools包下载GTEx数据
options(use_hiplot = TRUE)  #xena上海镜像站点，在query数据前加载提速下载
#加载包
library(UCSCXenaTools)
library(dplyr)
# 加载Xenadata数据集，查看能够下载的各种数据
data(XenaData)
View(XenaData)
head(XenaData)  #搜索得知GTEx属于toilHub
#generate, filter，开始第一步产生过滤
UCSCXenaTools:::.xena_hosts   #XenaHostNames对象名字通过该函数获得
XenaGenerate(subset = XenaHostNames=="toilHub") %>%    #产生一个XenaHub对象,datasets，cohorts，hosts查看XenaHub对象各部分内容
  XenaFilter(filterCohorts  = "^GTEX$") %>% 
  XenaFilter(filterDatasets = "gtex_gene_expected_count") -> df_todo
df_todo
# query, download 询问下载
destdir = "./TCGAdata/"  #设置下载文件所在位置
XenaQuery(df_todo) %>%
  XenaDownload(destdir = destdir,trans_slash = TRUE,force = T) -> xe_download
#最后 prepare
GTEx<- XenaPrepare(xe_download)
save(GTEx,file="gtex_gene_expected_count.Rdata")

哈，可能由于镜像所在地（sh）现状影响，镜像暂时无法使用！
另外，这个包不支持断点下载！ 我去洗个澡的功夫，电脑息屏，下载不完整了，只能重来了。。。。 具体结果等我再次下载完，prepare后揭晓！