1. 登陆TCGA网站选择Repository
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2.选择case-TCGA-TCGA ***(癌症种类）
3.file-数据所要分析的类型-Manifest
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4.下载临床数据 file-clinical-bcr xml
需把前面的刷新一下，点击下方页面的
image.png
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所下载的数据都需要自己重新命名，否则后面分不清了。
将下载的两个文本文件及gdc-clinet放入同一个文件夹。
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打开step_1_GDC.R,读入代码
#0.网页选择+GDC下载----
dir.create("clinical")
dir.create("mrna")
dir()
#./gdc-client download -m gdc_manifest_clincal.2020-04-05.txt -d clinical
#./gdc-client download -m gdc_manifest_mrna.2020-04-05.txt -d mrna
length(dir("./clinical/"))
length(dir("./mrna/"))
问题1: Mac电脑命令不被允许，估计权限不够。
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转至terminal运行
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解析：参考：https://blog.csdn.net/life_stranded/article/details/95229605
777代表：user、group 、others 都有读写和可执行权限。
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问题2:我在用win7电脑下载时，发现Rstudio中没有terminal。If the tab isn't visible, show it via Shift+Alt+T (Tools->Terminal->Move Focus to Terminal).——如果标签不可见，请通过Shift + Alt + T（工具 - >终端 - >将焦点移动到终端）显示它。
参考：Using the RStudio Terminal - 云+社区 - 腾讯云 https://cloud.tencent.com/developer/news/146738
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网速太卡了！！！！！
3.使用win7的cmd- gdc下载
从C盘转至E盘
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进入数据下载，请原谅我的网速！！！！！
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参考:
从官网上下载TCGA数据 - 简书 https://www.jianshu.com/p/406bcb11411c
TCGA-1.GDC数据下载 https://www.jianshu.com/p/559d9604fcdf
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