TCGA-官网下载

采用该工具gdc-client.exe下载TCGA数据

1 首先下载manifest文件 例如：

gdc_manifest_20180826_071158.txt

接着下载命令如下：

gdc-client.exe download -m gdc_manifest_20180826_071158.txt 如下

image.png

就这样下载

每个文件里面长这样

image.png

对于我们来说最重要的是中间的压缩包文件

接着我们需要用一个R脚本合并所有的压缩包到一个文件夹里面

查看当前目录有多少文件
length(list.files())
查看当前目录有多少文件（二者都可以）
length(dir())
新建一个文件夹，命名为“00_data_read_in_one_file”，为什么这么命名，是因为需要将我的新建文件位于第一位
length(dir())
dir()[1]
接着我们需要把其他所有文件甲内容转移到一个文件夹里面去
for(dirname in dir()[2:length(dir())] )
{
file<-list.files(dirname,pattern = "*.counts")
file.copy(paste0(dirname,"/",file),"00_data_read_in_one_file")
}

整理样本数据

文件名字转换