染色质免疫共沉淀可应用于：
（1）组蛋白修饰酶的抗体作为“生物标记”；
（2）转录调控分析；
（3）药物开发研究；
（4）DNA损失与凋亡分析。
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实验原理
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在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。
IP是利用抗原蛋白质和抗体的特异性结合以及细菌蛋白质的“prorein A”特异性地结合到免疫球蛋白的FC片段的现象活用开发出来的方法。
目前多用精制的prorein A预先结合固化在argarose的beads上，使之与含有抗原的溶液及抗体反应后，beads上的prorein A就能吸附抗原达到精制的目的。
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实验步骤
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一、细胞的甲醛交联与超声破碎（第一天）
1. 取出1平皿细胞（10 cm平皿），加入243 ul 37%甲醛，使得甲醛的终浓度为1%（培养基共有9 ml）。
2. 37℃孵育10 min。
3. 终止交联：加甘氨酸至终浓度为0.125 M。450 ul 2.5 M甘氨酸于平皿中。混匀后，在室温下放置5 min即可。
4. 吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。
5. 细胞刮刀收集细胞于15 ml离心管中（PBS依次为5 ml，3 ml和3 ml）。预冷后2 000 rpm 5 min收集细胞。
6. 倒去上清。按照细胞量，加入SDS Lysis Buffer。使得细胞终浓度为每200ul含2x106个细胞。这样每100 ul溶液含1x106个细胞。再加入蛋白酶抑制剂复合物。假设MCF7长满板为5x106个细胞。本次细胞长得约为80%。即为4x106个细胞。因此每管加入400 ul SDS Lysis Buffer。将2管混在一起，共800 ul。
7. 超声破碎：VCX750，25%功率，4.5 s冲击，9 s间隙。共14次。
二、除杂及抗体哺育（第一天）
1. 超声破碎结束后，10 000 g 4℃离心10 min。去除不溶物质。
2. 留取300ul做实验，其余保存于-80℃。
3. 300 ul中，100 ul加抗体做为实验组；100 ul不加抗体做为对照组；100 ul加入4 ul 5 M NaCl（NaCl终浓度为0.2 M），65℃处理3 h解交联，跑电泳，检测超声破碎的效果。
4. 在100 ul的超声破碎产物中，加入900 ul ChIP DilutionBuffer和20 ul的50xPIC。
再各加入60 ul ProteinA Agarose/SalmonSpermDNA。4℃颠转混匀1 h。
5. 1 h后，在4℃静置10 min沉淀，700 rpm离心1 min。
6. 取上清。各留取20 ul做为input。一管中加入1 ul抗体，另一管中则不加抗体。4℃颠转过夜。
三、检验超声破碎的效果（第一天）
1. 取100 ul超声破碎后产物，加入4 ul 5M NaCl，65℃处理2 h解交联。
2. 分出一半用酚/氯仿抽提。电泳检测超声效果。
四、免疫复合物的沉淀及清洗（第二天）
1. 孵育过夜后，每管中加入60 ul ProteinA Agarose/SalmonSperm DNA。4℃颠转2 h。
2. 4℃静置10 min后，700 rpm离心1 min。除去上清。
3. 依次用下列溶液清洗沉淀复合物。清洗的步骤：加入溶液，在4℃颠转10 min，4℃静置10 min沉淀，700 rpm离心1 min，除去上清。
洗涤溶液：
（1）low salt wash buffer-one wash
（2）highsalt wash buffer-one wash
（3）LiCl wash buffer-one wash
（4）TE buffer-two wash
4. 清洗完毕后，开始洗脱。
洗脱液的配方：100 ul 10%SDS，100 ul1M NaHCO3，800 ul ddH2O，共1 ml。
每管加入250 ul洗脱buffer，室温下颠转15 min，静置离心后，收集上清。重复洗涤一次。最终的洗脱液为每管500 ul。
5. 解交联：每管中加入20 ul 5M NaCl（NaCl终浓度为0.2 M）。
6. 混匀，65℃解交联过夜。
五、DNA样品的回收（第三天）
1. 解交联结束后，每管加入1 ul RNaseA（MBI），37℃孵育1 h。
2. 每管加入10 ul 0.5 M EDTA，20 ul1M Tris.HCl（PH6.5），2 ul 10 mg/ml蛋白酶K。45℃处理2 h。
3. DNA片段的回收----omega胶回收试剂盒。最终的样品溶于100 ul ddH2O。
六、PCR分析（第三天）
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注意事项
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1. 注意抗体的性质。抗体不同和抗原结合能力也不同，免染能结合未必能用在IP反应。建议仔细检查抗体的说明书。特别是多抗的特异性是问题。
2. 注意溶解抗原的缓冲液的性质。多数的抗原是细胞构成的蛋白，特别是骨架蛋白，缓冲液必须要使其溶解。为此，必须使用含有强界面活性剂的缓冲液，尽管它有可能影响一部分抗原抗体的结合。另一面，如用弱界面活性剂溶解细胞，就不能充分溶解细胞蛋白。即便溶解也产生与其它的蛋白结合的结果，抗原决定族被封闭，影响与抗体的结合，即使IP成功，也是很多蛋白与抗体共沉的悲惨结果。
3. 为防止蛋白的分解，修饰，溶解抗原的缓冲液必须加蛋白每抑制剂，低温下进行实验。每次实验之前，首先考虑抗体/缓冲液的比例。抗体过少就不能检出抗原，过多则就不能沉降在beads上，残存在上清。缓冲剂太少则不能溶解抗原，过多则抗原被稀释。
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