用file2.fa的序列替换file1.fa中同名的序列

需要安装biopython
pip install python

import argparse
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq

# 创建命令行参数解析器
parser = argparse.ArgumentParser(description='Replace sequences in fasta file.')
parser.add_argument('--origin', '-o', type=str, help='Path to the file containing the original sequences')
parser.add_argument('--replace', '-r', type=str, help='Path to the file containing the replacement sequences')
parser.add_argument('--output', '-out', type=str, help='Path to the output fasta file')
parser.add_argument('--rev', '-rev', type=str, help='Comma-separated list of sequence names to reverse complement and replace')
parser.add_argument('--chr', '-chr', type=str, help='Comma-separated list of sequence names to keep the original direction')
args = parser.parse_args()

# 读取原始序列文件
origin_records = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(args.origin, "fasta"))

# 读取替换序列文件
replace_records = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(args.replace, "fasta"))

# 解析需要反向互补的序列名列表
rev_chr_list = args.rev.split(',')

# 解析需要保持原方向的序列名列表
chr_list = args.chr.split(',')

# 遍历原始序列
for record_id, record_seq in origin_records.items():
    # 检查当前序列名是否在需要反向互补的序列名列表中
    if record_id in rev_chr_list:
        # 检查替换序列中是否存在同名序列
        if record_id in replace_records:
            # 获取替换序列的反向互补序列
            reverse_complement_seq = replace_records[record_id].seq.reverse_complement()
            # 替换原始序列为反向互补序列
            origin_records[record_id].seq = reverse_complement_seq
    # 检查当前序列名是否在需要保持原方向的序列名列表中
    elif record_id in chr_list:
        # 检查替换序列中是否存在同名序列
        if record_id in replace_records:
            # 获取替换序列
            replacement_seq = replace_records[record_id].seq
            # 替换原始序列为替换序列
            origin_records[record_id].seq = replacement_seq

# 将替换后的序列写入新的fasta文件
output_records = list(origin_records.values())
SeqIO.write(output_records, args.output, "fasta")

--chr输入同向替换的序列名
--rev输入反向互补然后替换的序列名
多个序列用逗号分隔

你可以使用以下命令行指令运行代码：

python script.py --origin file1.fasta --replace file2.fasta --output output.fasta --rev A_Chr,B_Chr --chr X_Chr,Y_Chr

请确保将script.py替换为你保存代码的文件名，并将file1.fasta、file2.fasta和output.fasta替换为你实际使用的文件路径。--rev参数后面的A_Chr,B_Chr是你需要进行反向互补并替换的序列名列表，--chr参数后面的X_Chr,Y_Chr是你需要保持原方向的序列名列表。

这样，你就可以通过命令行参数指定需要进行反向互补的序列名和保持原方向的序列名，并使用更新后的代码来搜索原始序列文件中的序列，并将替换序列文件中同名序列的反向互补序列替换到需要反向互补的序列中，将同名序列替换为需要保持原方向的序列，并将结果保存到指定的输出文件中。