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RNA-SEQ(六):KEGG富集分析及可视化

RNA-SEQ(六):KEGG富集分析及可视化

作者: 生信小白花 | 来源:发表于2023-02-23 20:49 被阅读0次

    题目:对筛选得到的差异基因做KEGG富集分析。

    目的:富集分析给定的基因集对哪些功能的影响有针对性的,不是随机影响的。

    内容:1. 将筛选出的基因集导入网页,就可以得到结果。

    数据:DEseq2差异分析得到的差异基因列表。

    工具KOBAS (pku.edu.cn)

    步骤:

    1. 打开网址(http://kobas.cbi.pku.edu.cn/genelist/)出现以下界面。在1处选择要富集的物种,我们是人的测序数据,所以选择homo sapiens(human),2处选择自己的基因名类型,3处输入自己的基因集,然后4处选择KEGG富集,之后就可以按最下面的run了。
      image.png

    结果:运行结果如下,在1,2处可以进行筛选,选择校准后p值corrected p-value<0.05的通路,然后点击3处就可以下载富集结果。

    image.png

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