「文献02」esATAC: 一个ATAC-seq分析的R包

日期：2019年1月13日——2019-Week2
分类：「工具」
题目：esATAC: An Easy-to-use Systematic pipeline for ATAC-seq data analysis
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty141
杂志：Bioinformatics，2018 Aug
关键词： ATAC; chromatin accessibility; transcription factor; regulatory network

介绍

之前介绍过中科大Kun Qu老师实验室开发的用于bulk ATAC-seq分析的工具包 —— 「ATAC-pipe」，虽然个人并不推荐依赖使用这种打包工具包。但是他们的分析方法和原理还是值得了解和学习的。这里再介绍一个ATAC-seq分析的工具包——esATAC，是由清华大学Xiaowo Wang老师实验室开发的一个R/Bioconductor包，它的功能包括如下几方面：

• 原始数据的质控和比对
• peak calling
• 富集分析
• 转录因子足迹分析

具体分析方法参考vignettes:
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/esATAC/inst/doc/esATAC-Introduction.html

数据分析流程

• 初始数据：可以直接处理fastq格式的测序数据
• 质控：多种质控方法，包括测序质量，read length分布等
• 去接头：AdapterRemoval
• 比对：Bowtie2
• 鉴定开放染色质peak：F-seq？？
  仔细了解(Boyle, et al., 2008,Koohy, et al., 2014)
• peak的注释：ChIPseeker包
• TF分析：结合JASPAR数据库
• 适用物种：人和鼠

单细胞RNA-seq、ATAC-seq分析教程、工具大集锦: https://github.com/seandavi/awesome-single-cell