无论是bitacora、hmmer还是blastp得到的候选集可能都有所不同，所以鉴定完整后取并集较好。
我的做法是导出每一个候选集的ID名
代码为seqkit的
seqkit fx2table xxx.fasta -n -i >out.fa
把每个候选集的id黏贴到Excel中，筛选重复值删除即是并集
然后借助Tbtools根据id在目标物种的蛋白文件中搜索蛋白序列
人工矫正结构注释
对于结构域不完整的（partial），或者length明显过长的（可能是2-3个基因合到一起了），需要手动进行基因结构注释的矫正。
根据GFF文件，找到该基因所在基因组上的位置
根据位置提取基因组上下游序列（看序列长度，如+-3000bp）
将序列blastx NR数据库，根据比对结果，比着序列翻译的3种读码框，寻找GT...AG内含子
同时可以用基因结构预测网站辅助
作者：山竹山竹px
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来源：简书
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本文标题：基因家族鉴定---合并候选集
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/yxjhhltx.html
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