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第08章 数据规整:聚合、合并和重塑

第08章 数据规整:聚合、合并和重塑

作者: 林清猫耳 | 来源:发表于2018-08-15 16:09 被阅读53次

    资料来源:https://github.com/BrambleXu/pydata-notebook

    在许多应用中,数据可能分散在许多文件或数据库中,存储的形式也不利于分析。本章关注可以聚合、合并、重塑数据的方法。

    首先,我会介绍pandas的层次化索引,它广泛用于以上操作。然后,我深入介绍了一些特殊的数据操作。在第14章,你可以看到这些工具的多种应用。

    8.1 层次化索引

    层次化索引(hierarchical indexing)是pandas的一项重要功能,它使你能在一个轴上拥有多个(两个以上)索引级别。抽象点说,它使你能以低维度形式处理高维度数据。我们先来看一个简单的例子:创建一个Series,并用一个由列表或数组组成的列表作为索引:

    In [9]: data = pd.Series(np.random.randn(9),
       ...:                  index=[['a', 'a', 'a', 'b', 'b', 'c', 'c', 'd', 'd'],
       ...:                         [1, 2, 3, 1, 3, 1, 2, 2, 3]])
    
    In [10]: data
    Out[10]: 
    a  1   -0.204708
       2    0.478943
       3   -0.519439
    b  1   -0.555730
       3    1.965781
    c  1    1.393406
       2    0.092908
    d  2    0.281746
       3    0.769023
    dtype: float64
    

    看到的结果是经过美化的带有MultiIndex索引的Series的格式。索引之间的“间隔”表示“直接使用上面的标签”:

    In [11]: data.index
    Out[11]: 
    MultiIndex(levels=[['a', 'b', 'c', 'd'], [1, 2, 3]],
               labels=[[0, 0, 0, 1, 1, 2, 2, 3, 3], [0, 1, 2, 0, 2, 0, 1, 1, 2]])
    

    对于一个层次化索引的对象,可以使用所谓的部分索引,使用它选取数据子集的操作更简单:

    In [12]: data['b']
    Out[12]: 
    1   -0.555730
    3    1.965781
    dtype: float64
    
    In [13]: data['b':'c']
    Out[13]: 
    b  1   -0.555730
       3    1.965781
    c  1    1.393406
       2    0.092908
    dtype: float64
    
    In [14]: data.loc[['b', 'd']]
    Out[14]: 
    b  1   -0.555730
       3    1.965781
    d  2    0.281746
       3    0.769023
    dtype: float64
    

    有时甚至还可以在“内层”中进行选取:

    In [15]: data.loc[:, 2]
    Out[15]: 
    a    0.478943
    c    0.092908
    d    0.281746
    dtype: float64
    

    层次化索引在数据重塑和基于分组的操作(如透视表生成)中扮演着重要的角色。例如,可以通过unstack方法将这段数据重新安排到一个DataFrame中:

    In [16]: data.unstack()
    Out[16]: 
              1         2         3
    a -0.204708  0.478943 -0.519439
    b -0.555730       NaN  1.965781
    c  1.393406  0.092908       NaN
    d       NaN  0.281746  0.769023
    

    unstack的逆运算是stack:

    In [17]: data.unstack().stack()
    Out[17]: 
    a  1   -0.204708
       2    0.478943
       3   -0.519439
    b  1   -0.555730
       3    1.965781
    c  1    1.393406
       2    0.092908
    d  2    0.281746
       3    0.769023
    dtype: float64
    

    stack和unstack将在本章后面详细讲解。

    对于一个DataFrame,每条轴都可以有分层索引:

    In [18]: frame = pd.DataFrame(np.arange(12).reshape((4, 3)),
       ....:                      index=[['a', 'a', 'b', 'b'], [1, 2, 1, 2]],
       ....:                      columns=[['Ohio', 'Ohio', 'Colorado'],
       ....:                               ['Green', 'Red', 'Green']])
    
    In [19]: frame
    Out[19]: 
         Ohio     Colorado
        Green Red    Green
    a 1     0   1        2
      2     3   4        5
    b 1     6   7        8
      2     9  10       11
    

    各层都可以有名字(可以是字符串,也可以是别的Python对象)。如果指定了名称,它们就会显示在控制台输出中:

    In [20]: frame.index.names = ['key1', 'key2']
    
    In [21]: frame.columns.names = ['state', 'color']
    
    In [22]: frame
    Out[22]: 
    state      Ohio     Colorado
    color     Green Red    Green
    key1 key2                   
    a    1        0   1        2
         2        3   4        5
    b    1        6   7        8
         2        9  10       11
    

    注意:小心区分索引名state、color与行标签。

    有了部分列索引,因此可以轻松选取列分组:

    In [23]: frame['Ohio']
    Out[23]: 
    color      Green  Red
    key1 key2            
    a    1         0    1
         2         3    4
    b    1         6    7
         2         9   10
    

    可以单独创建MultiIndex然后复用。上面那个DataFrame中的(带有分级名称)列可以这样创建:

    MultiIndex.from_arrays([['Ohio', 'Ohio', 'Colorado'], ['Green', 'Red', 'Green']],
                           names=['state', 'color'])
    

    重排与分级排序

    有时,你需要重新调整某条轴上各级别的顺序,或根据指定级别上的值对数据进行排序。swaplevel接受两个级别编号或名称,并返回一个互换了级别的新对象(但数据不会发生变化):

    In [24]: frame.swaplevel('key1', 'key2')
    Out[24]: 
    state      Ohio     Colorado
    color     Green Red    Green
    key2 key1                   
    1    a        0   1        2
    2    a        3   4        5
    1    b        6   7        8
    2    b        9  10       11
    

    而sort_index则根据单个级别中的值对数据进行排序。交换级别时,常常也会用到sort_index,这样最终结果就是按照指定顺序进行字母排序了:

    In [25]: frame.sort_index(level=1)
    Out[25]: 
    state      Ohio     Colorado
    color     Green Red    Green
    key1 key2                   
    a    1        0   1        2
    b    1        6   7        8
    a    2        3   4        5
    b    2        9  10       11
    
    In [26]: frame.swaplevel(0, 1).sort_index(level=0)
    Out[26]: 
    state      Ohio     Colorado
    color     Green Red    Green
    key2 key1                   
    1    a        0   1        2
         b        6   7        8
    2    a        3   4        5
         b        9  10       11
    

    根据级别汇总统计

    许多对DataFrame和Series的描述和汇总统计都有一个level选项,它用于指定在某条轴上求和的级别。再以上面那个DataFrame为例,我们可以根据行或列上的级别来进行求和:

    In [27]: frame.sum(level='key2')
    Out[27]: 
    state  Ohio     Colorado
    color Green Red    Green
    key2                    
    1         6   8       10
    2        12  14       16
    
    In [28]: frame.sum(level='color', axis=1)
    Out[28]: 
    color      Green  Red
    key1 key2            
    a    1         2    1
         2         8    4
    b    1        14    7
         2        20   10
    

    这其实是利用了pandas的groupby功能,本书稍后将对其进行详细讲解。

    使用DataFrame的列进行索引

    人们经常想要将DataFrame的一个或多个列当做行索引来用,或者可能希望将行索引变成DataFrame的列。以下面这个DataFrame为例:

    In [29]: frame = pd.DataFrame({'a': range(7), 'b': range(7, 0, -1),
       ....:                       'c': ['one', 'one', 'one', 'two', 'two',
       ....:                             'two', 'two'],
       ....:                       'd': [0, 1, 2, 0, 1, 2, 3]})
    
    In [30]: frame
    Out[30]: 
       a  b    c  d
    0  0  7  one  0
    1  1  6  one  1
    2  2  5  one  2
    3  3  4  two  0
    4  4  3  two  1
    5  5  2  two  2
    6  6  1  two  3
    

    DataFrame的set_index函数会将其一个或多个列转换为行索引,并创建一个新的DataFrame:

    In [31]: frame2 = frame.set_index(['c', 'd'])
    
    In [32]: frame2
    Out[32]: 
           a  b
    c   d      
    one 0  0  7
        1  1  6
        2  2  5
    two 0  3  4
        1  4  3
        2  5  2
        3  6  1
    

    默认情况下,那些列会从DataFrame中移除,但也可以将其保留下来:

    In [33]: frame.set_index(['c', 'd'], drop=False)
    Out[33]: 
           a  b    c  d
    c   d              
    one 0  0  7  one  0
        1  1  6  one  1
        2  2  5  one  2
    two 0  3  4  two  0
        1  4  3  two  1
        2  5  2  two  2
        3  6  1  two  3
    

    reset_index的功能跟set_index刚好相反,层次化索引的级别会被转移到列里面:

    In [34]: frame2.reset_index()
    Out[34]:
    c  d  a  b
    0  one  0  0  7
    1  one  1  1  6
    2  one  2  2  5
    3  two  0  3  4
    4  two  1  4  3
    5  two  2  5  2
    6  two  3  6  1
    

    8.2 合并数据集

    pandas对象中的数据可以通过一些方式进行合并:

    • pandas.merge可根据一个或多个键将不同DataFrame中的行连接起来。SQL或其他关系型数据库的用户对此应该会比较熟悉,因为它实现的就是数据库的join操作。
    • pandas.concat可以沿着一条轴将多个对象堆叠到一起。
    • 实例方法combine_first可以将重复数据拼接在一起,用一个对象中的值填充另一个对象中的缺失值。

    我将分别对它们进行讲解,并给出一些例子。本书剩余部分的示例中将经常用到它们。

    数据库风格的DataFrame合并

    数据集的合并(merge)或连接(join)运算是通过一个或多个键将行连接起来的。这些运算是关系型数据库(基于SQL)的核心。pandas的merge函数是对数据应用这些算法的主要切入点。

    以一个简单的例子开始:

    In [35]: df1 = pd.DataFrame({'key': ['b', 'b', 'a', 'c', 'a', 'a', 'b'],
       ....:                     'data1': range(7)})
    
    In [36]: df2 = pd.DataFrame({'key': ['a', 'b', 'd'],
       ....:                     'data2': range(3)})
    
    In [37]: df1
    Out[37]: 
       data1 key
    0      0   b
    1      1   b
    2      2   a
    3      3   c
    4      4   a
    5      5   a
    6      6   b
    
    In [38]: df2
    Out[38]: 
       data2 key
    0      0   a
    1      1   b
    2      2   d
    

    这是一种多对一的合并。df1中的数据有多个被标记为a和b的行,而df2中key列的每个值则仅对应一行。对这些对象调用merge即可得到:

    In [39]: pd.merge(df1, df2)
    Out[39]: 
       data1 key  data2
    0      0   b      1
    1      1   b      1
    2      6   b      1
    3      2   a      0
    4      4   a      0
    5      5   a      0
    

    注意,我并没有指明要用哪个列进行连接。如果没有指定,merge就会将重叠列的列名当做键。不过,最好明确指定一下:

    In [40]: pd.merge(df1, df2, on='key')
    Out[40]: 
       data1 key  data2
    0      0   b      1
    1      1   b      1
    2      6   b      1
    3      2   a      0
    4      4   a      0
    5      5   a      0
    

    如果两个对象的列名不同,也可以分别进行指定:

    In [41]: df3 = pd.DataFrame({'lkey': ['b', 'b', 'a', 'c', 'a', 'a', 'b'],
       ....:                     'data1': range(7)})
    
    In [42]: df4 = pd.DataFrame({'rkey': ['a', 'b', 'd'],
       ....:                     'data2': range(3)})
    
    In [43]: pd.merge(df3, df4, left_on='lkey', right_on='rkey')
    Out[43]: 
       data1 lkey  data2 rkey
    0      0    b      1    b
    1      1    b      1    b
    2      6    b      1    b
    3      2    a      0    a
    4      4    a      0    a
    5      5    a      0    a
    

    可能你已经注意到了,结果里面c和d以及与之相关的数据消失了。默认情况下,merge做的是“内连接”;结果中的键是交集。其他方式还有"left"、"right"以及"outer"。外连接求取的是键的并集,组合了左连接和右连接的效果:

    In [44]: pd.merge(df1, df2, how='outer')
    Out[44]: 
       data1 key  data2
    0    0.0   b    1.0
    1    1.0   b    1.0
    2    6.0   b    1.0
    3    2.0   a    0.0
    4    4.0   a    0.0
    5    5.0   a    0.0
    6    3.0   c    NaN
    7    NaN   d    2.0
    

    表8-1对这些选项进行了总结。

    表8-1 不同的连接类型

    多对多的合并有些不直观。看下面的例子:

    In [45]: df1 = pd.DataFrame({'key': ['b', 'b', 'a', 'c', 'a', 'b'],
       ....:                     'data1': range(6)})
    
    In [46]: df2 = pd.DataFrame({'key': ['a', 'b', 'a', 'b', 'd'],
       ....:                     'data2': range(5)})
    
    In [47]: df1
    Out[47]: 
       data1 key
    0      0   b
    1      1   b
    2      2   a
    3      3   c
    4      4   a
    5      5   b
    
    In [48]: df2
    Out[48]: 
       data2 key
    0      0   a
    1      1   b
    2      2   a
    3      3   b
    4      4   d
    
    In [49]: pd.merge(df1, df2, on='key', how='left')
    Out[49]: 
        data1 key  data2
    0       0   b    1.0
    1       0   b    3.0
    2       1   b    1.0
    3       1   b    3.0
    4       2   a    0.0
    5       2   a    2.0
    6       3   c    NaN
    7       4   a    0.0
    8       4   a    2.0
    9       5   b    1.0
    10      5   b    3.0
    

    多对多连接产生的是行的笛卡尔积。由于左边的DataFrame有3个"b"行,右边的有2个,所以最终结果中就有6个"b"行。连接方式只影响出现在结果中的不同的键的值:

    In [50]: pd.merge(df1, df2, how='inner')
    Out[50]: 
       data1 key  data2
    0      0   b      1
    1      0   b      3
    2      1   b      1
    3      1   b      3
    4      5   b      1
    5      5   b      3
    6      2   a      0
    7      2   a      2
    8      4   a      0
    9      4   a      2
    

    要根据多个键进行合并,传入一个由列名组成的列表即可:

    In [51]: left = pd.DataFrame({'key1': ['foo', 'foo', 'bar'],
       ....:                      'key2': ['one', 'two', 'one'],
       ....:                      'lval': [1, 2, 3]})
    
    In [52]: right = pd.DataFrame({'key1': ['foo', 'foo', 'bar', 'bar'],
       ....:                       'key2': ['one', 'one', 'one', 'two'],
       ....:                       'rval': [4, 5, 6, 7]})
    
    In [53]: pd.merge(left, right, on=['key1', 'key2'], how='outer')
    Out[53]: 
      key1 key2  lval  rval
    0  foo  one   1.0   4.0
    1  foo  one   1.0   5.0
    2  foo  two   2.0   NaN
    3  bar  one   3.0   6.0
    4  bar  two   NaN   7.0
    

    结果中会出现哪些键组合取决于所选的合并方式,你可以这样来理解:多个键形成一系列元组,并将其当做单个连接键(当然,实际上并不是这么回事)。

    注意:在进行列-列连接时,DataFrame对象中的索引会被丢弃。

    对于合并运算需要考虑的最后一个问题是对重复列名的处理。虽然你可以手工处理列名重叠的问题(查看前面介绍的重命名轴标签),但merge有一个更实用的suffixes选项,用于指定附加到左右两个DataFrame对象的重叠列名上的字符串:

    In [54]: pd.merge(left, right, on='key1')
    Out[54]: 
      key1 key2_x  lval key2_y  rval
    0  foo    one     1    one     4
    1  foo    one     1    one     5
    2  foo    two     2    one     4
    3  foo    two     2    one     5
    4  bar    one     3    one     6
    5  bar    one     3    two     7
    
    In [55]: pd.merge(left, right, on='key1', suffixes=('_left', '_right'))
    Out[55]: 
      key1 key2_left  lval key2_right  rval
    0  foo       one     1        one     4
    1  foo       one     1        one     5
    2  foo       two     2        one     4
    3  foo       two     2        one     5
    4  bar       one     3        one     6
    5  bar       one     3        two     7
    

    merge的参数请参见表8-2。使用DataFrame的行索引合并是下一节的主题。

    表8-2 merge函数的参数

    indicator 添加特殊的列_merge,它可以指明每个行的来源,它的值有left_only、right_only或both,根据每行的合并数据的来源。

    索引上的合并

    有时候,DataFrame中的连接键位于其索引中。在这种情况下,你可以传入left_index=True或right_index=True(或两个都传)以说明索引应该被用作连接键:

    In [56]: left1 = pd.DataFrame({'key': ['a', 'b', 'a', 'a', 'b', 'c'],
       ....:                       'value': range(6)})
    
    In [57]: right1 = pd.DataFrame({'group_val': [3.5, 7]}, index=['a', 'b'])
    
    In [58]: left1
    Out[58]:
    
      key  value
    0   a      0
    1   b      1
    2   a      2
    3   a      3
    4   b      4
    5   c      5
    
    In [59]: right1
    Out[59]: 
       group_val
    a        3.5
    b        7.0
    
    In [60]: pd.merge(left1, right1, left_on='key', right_index=True)
    Out[60]: 
      key  value  group_val
    0   a      0        3.5
    2   a      2        3.5
    3   a      3        3.5
    1   b      1        7.0
    4   b      4        7.0
    

    由于默认的merge方法是求取连接键的交集,因此你可以通过外连接的方式得到它们的并集:

    In [61]: pd.merge(left1, right1, left_on='key', right_index=True, how='outer')
    Out[61]: 
      key  value  group_val
    0   a      0        3.5
    2   a      2        3.5
    3   a      3        3.5
    1   b      1        7.0
    4   b      4        7.0
    5   c      5        NaN
    

    对于层次化索引的数据,事情就有点复杂了,因为索引的合并默认是多键合并:

    In [62]: lefth = pd.DataFrame({'key1': ['Ohio', 'Ohio', 'Ohio',
       ....:                                'Nevada', 'Nevada'],
       ....:                       'key2': [2000, 2001, 2002, 2001, 2002],
       ....:                       'data': np.arange(5.)})
    
    In [63]: righth = pd.DataFrame(np.arange(12).reshape((6, 2)),
       ....:                       index=[['Nevada', 'Nevada', 'Ohio', 'Ohio',
       ....:                               'Ohio', 'Ohio'],
       ....:                              [2001, 2000, 2000, 2000, 2001, 2002]],
       ....:                       columns=['event1', 'event2'])
    
    In [64]: lefth
    Out[64]: 
       data    key1  key2
    0   0.0    Ohio  2000
    1   1.0    Ohio  2001
    2   2.0    Ohio  2002
    3   3.0  Nevada  2001
    4   4.0  Nevada  2002
    
    In [65]: righth
    Out[65]: 
                 event1  event2
    Nevada 2001       0       1
           2000       2       3
    Ohio   2000       4       5
           2000       6       7
           2001       8       9
           2002      10      11
    

    这种情况下,你必须以列表的形式指明用作合并键的多个列(注意用how='outer'对重复索引值的处理):

    In [66]: pd.merge(lefth, righth, left_on=['key1', 'key2'], right_index=True)
    Out[66]: 
       data    key1  key2  event1  event2
    0   0.0    Ohio  2000       4       5
    0   0.0    Ohio  2000       6       7
    1   1.0    Ohio  2001       8       9
    2   2.0    Ohio  2002      10      11
    3   3.0  Nevada  2001       0       1
    
    In [67]: pd.merge(lefth, righth, left_on=['key1', 'key2'],
       ....:          right_index=True, how='outer')
    Out[67]: 
       data    key1  key2  event1  event2
    0   0.0    Ohio  2000     4.0     5.0
    0   0.0    Ohio  2000     6.0     7.0
    1   1.0    Ohio  2001     8.0     9.0
    2   2.0    Ohio  2002    10.0    11.0
    3   3.0  Nevada  2001     0.0     1.0
    4   4.0  Nevada  2002     NaN     NaN
    4   NaN  Nevada  2000     2.0     3.0
    

    同时使用合并双方的索引也没问题:

    In [68]: left2 = pd.DataFrame([[1., 2.], [3., 4.], [5., 6.]],
       ....:                      index=['a', 'c', 'e'],
       ....:                      columns=['Ohio', 'Nevada'])
    
    In [69]: right2 = pd.DataFrame([[7., 8.], [9., 10.], [11., 12.], [13, 14]],
       ....:                       index=['b', 'c', 'd', 'e'],
       ....:                       columns=['Missouri', 'Alabama'])
    
    In [70]: left2
    Out[70]: 
       Ohio  Nevada
    a   1.0     2.0
    c   3.0     4.0
    e   5.0     6.0
    
    In [71]: right2
    Out[71]: 
       Missouri  Alabama
    b       7.0      8.0
    c       9.0     10.0
    d      11.0     12.0
    e      13.0     14.0
    
    In [72]: pd.merge(left2, right2, how='outer', left_index=True, right_index=True)
    Out[72]: 
       Ohio  Nevada  Missouri  Alabama
    a   1.0     2.0       NaN      NaN
    b   NaN     NaN       7.0      8.0
    c   3.0     4.0       9.0     10.0
    d   NaN     NaN      11.0     12.0
    e   5.0     6.0      13.0     14.0
    

    DataFrame还有一个便捷的join实例方法,它能更为方便地实现按索引合并。它还可用于合并多个带有相同或相似索引的DataFrame对象,但要求没有重叠的列。在上面那个例子中,我们可以编写:

    In [73]: left2.join(right2, how='outer')
    Out[73]: 
       Ohio  Nevada  Missouri  Alabama
    a   1.0     2.0       NaN      NaN
    b   NaN     NaN       7.0      8.0
    c   3.0     4.0       9.0     10.0
    d   NaN     NaN      11.0     12.0
    e   5.0     6.0      13.0     14.0
    

    因为一些历史版本的遗留原因,DataFrame的join方法默认使用的是左连接,保留左边表的行索引。它还支持在调用的DataFrame的列上,连接传递的DataFrame索引:

    In [74]: left1.join(right1, on='key')
    Out[74]: 
      key  value  group_val
    0   a      0        3.5
    1   b      1        7.0
    2   a      2        3.5
    3   a      3        3.5
    4   b      4        7.0
    5   c      5        NaN
    

    最后,对于简单的索引合并,你还可以向join传入一组DataFrame,下一节会介绍更为通用的concat函数,也能实现此功能:

    In [75]: another = pd.DataFrame([[7., 8.], [9., 10.], [11., 12.], [16., 17.]],
       ....:                        index=['a', 'c', 'e', 'f'],
       ....:                        columns=['New York',
    'Oregon'])
    
    In [76]: another
    Out[76]: 
       New York  Oregon
    a       7.0     8.0
    c       9.0    10.0
    e      11.0    12.0
    f      16.0    17.0
    
    In [77]: left2.join([right2, another])
    Out[77]: 
       Ohio  Nevada  Missouri  Alabama  New York  Oregon
    a   1.0     2.0       NaN      NaN       7.0     8.0
    c   3.0     4.0       9.0     10.0       9.0    10.0
    e   5.0     6.0      13.0     14.0      11.0    12.0
    
    In [78]: left2.join([right2, another], how='outer')
    Out[78]: 
       Ohio  Nevada  Missouri  Alabama  New York  Oregon
    a   1.0     2.0       NaN      NaN       7.0     8.0
    b   NaN     NaN       7.0      8.0       NaN     NaN
    c   3.0     4.0       9.0     10.0       9.0    10.0
    d   NaN     NaN      11.0     12.0       NaN     NaN
    e   5.0     6.0      13.0     14.0      11.0    12.0
    f   NaN     NaN       NaN      NaN      16.0    17.0
    

    轴向连接

    另一种数据合并运算也被称作连接(concatenation)、绑定(binding)或堆叠(stacking)。NumPy的concatenation函数可以用NumPy数组来做:

    In [79]: arr = np.arange(12).reshape((3, 4))
    
    In [80]: arr
    Out[80]: 
    array([[ 0,  1,  2,  3],
           [ 4,  5,  6,  7],
           [ 8,  9, 10, 11]])
    
    In [81]: np.concatenate([arr, arr], axis=1)
    Out[81]: 
    array([[ 0,  1,  2,  3,  0,  1,  2,  3],
           [ 4,  5,  6,  7,  4,  5,  6,  7],
           [ 8,  9, 10, 11,  8,  9, 10, 11]])
    

    对于pandas对象(如Series和DataFrame),带有标签的轴使你能够进一步推广数组的连接运算。具体点说,你还需要考虑以下这些东西:

    • 如果对象在其它轴上的索引不同,我们应该合并这些轴的不同元素还是只使用交集?
    • 连接的数据集是否需要在结果对象中可识别?
    • 连接轴中保存的数据是否需要保留?许多情况下,DataFrame默认的整数标签最好在连接时删掉。

    pandas的concat函数提供了一种能够解决这些问题的可靠方式。我将给出一些例子来讲解其使用方式。假设有三个没有重叠索引的Series:

    In [82]: s1 = pd.Series([0, 1], index=['a', 'b'])
    
    In [83]: s2 = pd.Series([2, 3, 4], index=['c', 'd', 'e'])
    
    In [84]: s3 = pd.Series([5, 6], index=['f', 'g'])
    

    对这些对象调用concat可以将值和索引粘合在一起:

    In [85]: pd.concat([s1, s2, s3])
    Out[85]: 
    a    0
    b    1
    c    2
    d    3
    e    4
    f    5
    g    6
    dtype: int64
    

    默认情况下,concat是在axis=0上工作的,最终产生一个新的Series。如果传入axis=1,则结果就会变成一个DataFrame(axis=1是列):

    In [86]: pd.concat([s1, s2, s3], axis=1)
    Out[86]: 
         0    1    2
    a  0.0  NaN  NaN
    b  1.0  NaN  NaN
    c  NaN  2.0  NaN
    d  NaN  3.0  NaN
    e  NaN  4.0  NaN
    f  NaN  NaN  5.0
    g  NaN  NaN  6.0
    

    这种情况下,另外的轴上没有重叠,从索引的有序并集(外连接)上就可以看出来。传入join='inner'即可得到它们的交集:

    In [87]: s4 = pd.concat([s1, s3])
    
    In [88]: s4
    Out[88]: 
    a    0
    b    1
    f    5
    g    6
    dtype: int64
    
    In [89]: pd.concat([s1, s4], axis=1)
    Out[89]: 
         0  1
    a  0.0  0
    b  1.0  1
    f  NaN  5
    g  NaN  6
    
    In [90]: pd.concat([s1, s4], axis=1, join='inner')
    Out[90]: 
       0  1
    a  0  0
    b  1  1
    

    在这个例子中,f和g标签消失了,是因为使用的是join='inner'选项。

    你可以通过join_axes指定要在其它轴上使用的索引:

    In [91]: pd.concat([s1, s4], axis=1, join_axes=[['a', 'c', 'b', 'e']])
    Out[91]: 
         0    1
    a  0.0  0.0
    c  NaN  NaN
    b  1.0  1.0
    e  NaN  NaN
    

    不过有个问题,参与连接的片段在结果中区分不开。假设你想要在连接轴上创建一个层次化索引。使用keys参数即可达到这个目的:

    In [92]: result = pd.concat([s1, s1, s3], keys=['one','two', 'three'])
    
    In [93]: result
    Out[93]: 
    one    a    0
           b    1
    two    a    0
           b    1
    three  f    5
           g    6
    dtype: int64
    
    In [94]: result.unstack()
    Out[94]: 
             a    b    f    g
    one    0.0  1.0  NaN  NaN
    two    0.0  1.0  NaN  NaN
    three  NaN  NaN  5.0  6.0
    

    如果沿着axis=1对Series进行合并,则keys就会成为DataFrame的列头:

    In [95]: pd.concat([s1, s2, s3], axis=1, keys=['one','two', 'three'])
    Out[95]: 
       one  two  three
    a  0.0  NaN    NaN
    b  1.0  NaN    NaN
    c  NaN  2.0    NaN
    d  NaN  3.0    NaN
    e  NaN  4.0    NaN
    f  NaN  NaN    5.0
    g  NaN  NaN    6.0
    

    同样的逻辑也适用于DataFrame对象:

    In [96]: df1 = pd.DataFrame(np.arange(6).reshape(3, 2), index=['a', 'b', 'c'],
       ....:                    columns=['one', 'two'])
    
    In [97]: df2 = pd.DataFrame(5 + np.arange(4).reshape(2, 2), index=['a', 'c'],
       ....:                    columns=['three', 'four'])
    
    In [98]: df1
    Out[98]: 
       one  two
    a    0    1
    b    2    3
    c    4    5
    
    In [99]: df2
    Out[99]: 
       three  four
    a      5     6
    c      7     8
    
    In [100]: pd.concat([df1, df2], axis=1, keys=['level1', 'level2'])
    Out[100]: 
      level1     level2     
         one two  three four
    a      0   1    5.0  6.0
    b      2   3    NaN  NaN
    c      4   5    7.0  8.0
    

    如果传入的不是列表而是一个字典,则字典的键就会被当做keys选项的值:

    In [101]: pd.concat({'level1': df1, 'level2': df2}, axis=1)
    
    Out[101]: 
      level1     level2     
         one two  three four
    a      0   1    5.0  6.0
    b      2   3    NaN  NaN
    c      4   5    7.0  8.0
    

    此外还有两个用于管理层次化索引创建方式的参数(参见表8-3)。举个例子,我们可以用names参数命名创建的轴级别:

    In [102]: pd.concat([df1, df2], axis=1, keys=['level1', 'level2'],
       .....:           names=['upper', 'lower'])
    Out[102]: 
    upper level1     level2     
    lower    one two  three four
    a          0   1    5.0  6.0
    b          2   3    NaN  NaN
    c          4   5    7.0  8.0
    

    最后一个关于DataFrame的问题是,DataFrame的行索引不包含任何相关数据:

    In [103]: df1 = pd.DataFrame(np.random.randn(3, 4), columns=['a', 'b', 'c', 'd'])
    
    In [104]: df2 = pd.DataFrame(np.random.randn(2, 3), columns=['b', 'd', 'a'])
    
    In [105]: df1
    Out[105]: 
              a         b         c         d
    0  1.246435  1.007189 -1.296221  0.274992
    1  0.228913  1.352917  0.886429 -2.001637
    2 -0.371843  1.669025 -0.438570 -0.539741
    
    In [106]: df2
    Out[106]: 
              b         d         a
    0  0.476985  3.248944 -1.021228
    1 -0.577087  0.124121  0.302614
    

    在这种情况下,传入ignore_index=True即可:

    In [107]: pd.concat([df1, df2], ignore_index=True)
    Out[107]: 
              a         b         c         d
    0  1.246435  1.007189 -1.296221  0.274992
    1  0.228913  1.352917  0.886429 -2.001637
    2 -0.371843  1.669025 -0.438570 -0.539741
    3 -1.021228  0.476985       NaN  3.248944
    4  0.302614 -0.577087       NaN  0.124121
    
    表8-3 concat函数的参数

    合并重叠数据

    还有一种数据组合问题不能用简单的合并(merge)或连接(concatenation)运算来处理。比如说,你可能有索引全部或部分重叠的两个数据集。举个有启发性的例子,我们使用NumPy的where函数,它表示一种等价于面向数组的if-else:

    In [108]: a = pd.Series([np.nan, 2.5, np.nan, 3.5, 4.5, np.nan],
       .....:               index=['f', 'e', 'd', 'c', 'b', 'a'])
    
    In [109]: b = pd.Series(np.arange(len(a), dtype=np.float64),
       .....:               index=['f', 'e', 'd', 'c', 'b', 'a'])
    
    In [110]: b[-1] = np.nan
    
    In [111]: a
    Out[111]: 
    f    NaN
    e    2.5
    d    NaN
    c    3.5
    b    4.5
    a    NaN
    dtype: float64
    
    In [112]: b
    Out[112]: 
    f    0.0
    e    1.0
    d    2.0
    c    3.0
    b    4.0
    a    NaN
    dtype: float64
    
    In [113]: np.where(pd.isnull(a), b, a)
    Out[113]: array([ 0. ,  2.5,  2. ,  3.5,  4.5,  nan])
    

    Series有一个combine_first方法,实现的也是一样的功能,还带有pandas的数据对齐:

    In [114]: b[:-2].combine_first(a[2:])
    Out[114]: 
    a    NaN
    b    4.5
    c    3.0
    d    2.0
    e    1.0
    f    0.0
    dtype: float64
    

    对于DataFrame,combine_first自然也会在列上做同样的事情,因此你可以将其看做:用传递对象中的数据为调用对象的缺失数据“打补丁”:

    In [115]: df1 = pd.DataFrame({'a': [1., np.nan, 5., np.nan],
       .....:                     'b': [np.nan, 2., np.nan, 6.],
       .....:                     'c': range(2, 18, 4)})
    
    In [116]: df2 = pd.DataFrame({'a': [5., 4., np.nan, 3., 7.],
       .....:                     'b': [np.nan, 3., 4., 6., 8.]})
    
    In [117]: df1
    Out[117]: 
         a    b   c
    0  1.0  NaN   2
    1  NaN  2.0   6
    2  5.0  NaN  10
    3  NaN  6.0  14
    
    In [118]: df2
    Out[118]: 
         a    b
    0  5.0  NaN
    1  4.0  3.0
    2  NaN  4.0
    3  3.0  6.0
    4  7.0  8.0
    
    In [119]: df1.combine_first(df2)
    Out[119]: 
         a    b     c
    0  1.0  NaN   2.0
    1  4.0  2.0   6.0
    2  5.0  4.0  10.0
    3  3.0  6.0  14.0
    4  7.0  8.0   NaN
    

    8.3 重塑和轴向旋转

    有许多用于重新排列表格型数据的基础运算。这些函数也称作重塑(reshape)或轴向旋转(pivot)运算。

    重塑层次化索引

    层次化索引为DataFrame数据的重排任务提供了一种具有良好一致性的方式。主要功能有二:

    • stack:将数据的列“旋转”为行。
    • unstack:将数据的行“旋转”为列。

    我将通过一系列的范例来讲解这些操作。接下来看一个简单的DataFrame,其中的行列索引均为字符串数组:

    In [120]: data = pd.DataFrame(np.arange(6).reshape((2, 3)),
       .....:                     index=pd.Index(['Ohio','Colorado'], name='state'),
       .....:                     columns=pd.Index(['one', 'two', 'three'],
       .....:                     name='number'))
    
    In [121]: data
    Out[121]: 
    number    one  two  three
    state                    
    Ohio        0    1      2
    Colorado    3    4      5
    

    对该数据使用stack方法即可将列转换为行,得到一个Series:

    In [122]: result = data.stack()
    
    In [123]: result
    Out[123]: 
    state     number
    Ohio      one       0
              two       1
              three     2
    Colorado  one       3
              two       4
              three     5
    dtype: int64
    

    对于一个层次化索引的Series,你可以用unstack将其重排为一个DataFrame:

    In [124]: result.unstack()
    Out[124]: 
    number    one  two  three
    state                    
    Ohio        0    1      2
    Colorado    3    4      5
    

    默认情况下,unstack操作的是最内层(stack也是如此)。传入分层级别的编号或名称即可对其它级别进行unstack操作:

    In [125]: result.unstack(0)
    Out[125]: 
    state   Ohio  Colorado
    number                
    one        0         3
    two        1         4
    three      2         5
    
    In [126]: result.unstack('state')
    Out[126]: 
    state   Ohio  Colorado
    number                
    one        0         3
    two        1         4
    three      2         5
    

    如果不是所有的级别值都能在各分组中找到的话,则unstack操作可能会引入缺失数据:

    In [127]: s1 = pd.Series([0, 1, 2, 3], index=['a', 'b', 'c', 'd'])
    
    In [128]: s2 = pd.Series([4, 5, 6], index=['c', 'd', 'e'])
    
    In [129]: data2 = pd.concat([s1, s2], keys=['one', 'two'])
    
    In [130]: data2
    Out[130]: 
    one  a    0
         b    1
         c    2
         d    3
    two  c    4
         d    5
         e    6
    dtype: int64
    
    In [131]: data2.unstack()
    Out[131]: 
           a    b    c    d    e
    one  0.0  1.0  2.0  3.0  NaN
    two  NaN  NaN  4.0  5.0  6.0
    

    stack默认会滤除缺失数据,因此该运算是可逆的:

    In [132]: data2.unstack()
    Out[132]: 
           a    b    c    d    e
    one  0.0  1.0  2.0  3.0  NaN
    two  NaN  NaN  4.0  5.0  6.0
    
    In [133]: data2.unstack().stack()
    Out[133]: 
    one  a    0.0
         b    1.0
         c    2.0
         d    3.0
    two  c    4.0
         d    5.0
         e    6.0
    dtype: float64
    
    In [134]: data2.unstack().stack(dropna=False)
    Out[134]: 
    one  a    0.0
         b    1.0
         c    2.0
         d    3.0
         e    NaN
    two  a    NaN
         b    NaN
         c    4.0
         d    5.0
         e    6.0
    dtype: float64
    

    在对DataFrame进行unstack操作时,作为旋转轴的级别将会成为结果中的最低级别:

    In [135]: df = pd.DataFrame({'left': result, 'right': result + 5},
       .....:                   columns=pd.Index(['left', 'right'], name='side'))
    
    In [136]: df
    Out[136]: 
    side             left  right
    state    number             
    Ohio     one        0      5
             two        1      6
             three      2      7
    Colorado one        3      8
             two        4      9
             three      5     10
    
    In [137]: df.unstack('state')
    Out[137]: 
    side   left          right
    state  Ohio Colorado  Ohio Colorado
    number                             
    one       0        3     5        8
    two       1        4     6        9
    three     2        5     7       10
    

    当调用stack,我们可以指明轴的名字:

    In [138]: df.unstack('state').stack('side')
    Out[138]: 
    state         Colorado  Ohio
    number side                 
    one    left          3     0
           right         8     5
    two    left          4     1
           right         9     6
    three  left          5     2
           right        10     7
    

    将“长格式”旋转为“宽格式”

    多个时间序列数据通常是以所谓的“长格式”(long)或“堆叠格式”(stacked)存储在数据库和CSV中的。我们先加载一些示例数据,做一些时间序列规整和数据清洗:

    In [139]: data = pd.read_csv('examples/macrodata.csv')
    
    In [140]: data.head()
    Out[140]: 
         year  quarter   realgdp  realcons  realinv  realgovt  realdpi    cpi  \
    0  1959.0      1.0  2710.349    1707.4  286.898   470.045   1886.9  28.98   
    1  1959.0      2.0  2778.801    1733.7  310.859   481.301   1919.7  29.15   
    2  1959.0      3.0  2775.488    1751.8  289.226   491.260   1916.4  29.35   
    3  1959.0      4.0  2785.204    1753.7  299.356   484.052   1931.3  29.37   
    4  1960.0      1.0  2847.699    1770.5  331.722   462.199   1955.5  29.54   
          m1  tbilrate  unemp      pop  infl  realint  
    0  139.7      2.82    5.8  177.146  0.00     0.00
    1  141.7      3.08    5.1  177.830  2.34     0.74  
    2  140.5      3.82    5.3  178.657  2.74     1.09  
    3  140.0      4.33    5.6  179.386  0.27     4.06  
    4  139.6      3.50    5.2  180.007  2.31     1.19  
    
    In [141]: periods = pd.PeriodIndex(year=data.year, quarter=data.quarter,
       .....:                          name='date')
    
    In [142]: columns = pd.Index(['realgdp', 'infl', 'unemp'], name='item')
    
    In [143]: data = data.reindex(columns=columns)
    
    In [144]: data.index = periods.to_timestamp('D', 'end')
    
    In [145]: ldata = data.stack().reset_index().rename(columns={0: 'value'})
    

    这就是多个时间序列(或者其它带有两个或多个键的可观察数据,这里,我们的键是date和item)的长格式。表中的每行代表一次观察。

    关系型数据库(如MySQL)中的数据经常都是这样存储的,因为固定架构(即列名和数据类型)有一个好处:随着表中数据的添加,item列中的值的种类能够增加。在前面的例子中,date和item通常就是主键(用关系型数据库的说法),不仅提供了关系完整性,而且提供了更为简单的查询支持。有的情况下,使用这样的数据会很麻烦,你可能会更喜欢DataFrame,不同的item值分别形成一列,date列中的时间戳则用作索引。DataFrame的pivot方法完全可以实现这个转换:

    In [147]: pivoted = ldata.pivot('date', 'item', 'value')
    
    In [148]: pivoted
    Out[148]: 
    item        infl    realgdp  unemp
    date                              
    1959-03-31  0.00   2710.349    5.8
    1959-06-30  2.34   2778.801    5.1
    1959-09-30  2.74   2775.488    5.3
    1959-12-31  0.27   2785.204    5.6
    1960-03-31  2.31   2847.699    5.2
    1960-06-30  0.14   2834.390    5.2
    1960-09-30  2.70   2839.022    5.6
    1960-12-31  1.21   2802.616    6.3
    1961-03-31 -0.40   2819.264    6.8
    1961-06-30  1.47   2872.005    7.0
    ...          ...        ...    ...
    2007-06-30  2.75  13203.977    4.5
    2007-09-30  3.45  13321.109    4.7
    2007-12-31  6.38  13391.249    4.8
    2008-03-31  2.82  13366.865    4.9
    2008-06-30  8.53  13415.266    5.4
    2008-09-30 -3.16  13324.600    6.0
    2008-12-31 -8.79  13141.920    6.9
    2009-03-31  0.94  12925.410    8.1
    2009-06-30  3.37  12901.504    9.2
    2009-09-30  3.56  12990.341    9.6
    [203 rows x 3 columns]
    

    前两个传递的值分别用作行和列索引,最后一个可选值则是用于填充DataFrame的数据列。假设有两个需要同时重塑的数据列:

    In [149]: ldata['value2'] = np.random.randn(len(ldata))
    
    In [150]: ldata[:10]
    Out[150]: 
            date     item     value    value2
    0 1959-03-31  realgdp  2710.349  0.523772
    1 1959-03-31     infl     0.000  0.000940
    2 1959-03-31    unemp     5.800  1.343810
    3 1959-06-30  realgdp  2778.801 -0.713544
    4 1959-06-30     infl     2.340 -0.831154
    5 1959-06-30    unemp     5.100 -2.370232
    6 1959-09-30  realgdp  2775.488 -1.860761
    7 1959-09-30     infl     2.740 -0.860757
    8 1959-09-30    unemp     5.300  0.560145
    9 1959-12-31  realgdp  2785.204 -1.265934
    

    如果忽略最后一个参数,得到的DataFrame就会带有层次化的列:

    In [151]: pivoted = ldata.pivot('date', 'item')
    
    In [152]: pivoted[:5]
    Out[152]: 
               value                    value2                    
    item        infl   realgdp unemp      infl   realgdp     unemp
    date                                                          
    1959-03-31  0.00  2710.349   5.8  0.000940  0.523772  1.343810
    1959-06-30  2.34  2778.801   5.1 -0.831154 -0.713544 -2.370232
    1959-09-30  2.74  2775.488   5.3 -0.860757 -1.860761  0.560145
    1959-12-31  0.27  2785.204   5.6  0.119827 -1.265934 -1.063512
    1960-03-31  2.31  2847.699   5.2 -2.359419  0.332883 -0.199543
    
    In [153]: pivoted['value'][:5]
    Out[153]: 
    item        infl   realgdp  unemp
    date                             
    1959-03-31  0.00  2710.349    5.8
    1959-06-30  2.34  2778.801    5.1
    1959-09-30  2.74  2775.488    5.3
    1959-12-31  0.27  2785.204    5.6
    1960-03-31  2.31  2847.699    5.2
    

    注意,pivot其实就是用set_index创建层次化索引,再用unstack重塑:

    In [154]: unstacked = ldata.set_index(['date', 'item']).unstack('item')
    
    In [155]: unstacked[:7]
    Out[155]: 
               value                    value2                    
    item        infl   realgdp unemp      infl   realgdp     unemp
    date                                                          
    1959-03-31  0.00  2710.349   5.8  0.000940  0.523772  1.343810
    1959-06-30  2.34  2778.801   5.1 -0.831154 -0.713544 -2.370232
    1959-09-30  2.74  2775.488   5.3 -0.860757 -1.860761  0.560145
    1959-12-31  0.27  2785.204   5.6  0.119827 -1.265934 -1.063512
    1960-03-31  2.31  2847.699   5.2 -2.359419  0.332883 -0.199543
    1960-06-30  0.14  2834.390   5.2 -0.970736 -1.541996 -1.307030
    1960-09-30  2.70  2839.022   5.6  0.377984  0.286350 -0.753887
    

    将“宽格式”旋转为“长格式”

    旋转DataFrame的逆运算是pandas.melt。它不是将一列转换到多个新的DataFrame,而是合并多个列成为一个,产生一个比输入长的DataFrame。看一个例子:

    In [157]: df = pd.DataFrame({'key': ['foo', 'bar', 'baz'],
       .....:                    'A': [1, 2, 3],
       .....:                    'B': [4, 5, 6],
       .....:                    'C': [7, 8, 9]})
    
    In [158]: df
    Out[158]: 
       A  B  C  key
    0  1  4  7  foo
    1  2  5  8  bar
    2  3  6  9  baz
    

    key列可能是分组指标,其它的列是数据值。当使用pandas.melt,我们必须指明哪些列是分组指标。下面使用key作为唯一的分组指标:

    In [159]: melted = pd.melt(df, ['key'])
    
    In [160]: melted
    Out[160]: 
       key variable  value
    0  foo        A      1
    1  bar        A      2
    2  baz        A      3
    3  foo        B      4
    4  bar        B      5
    5  baz        B      6
    6  foo        C      7
    7  bar        C      8
    8  baz        C      9
    

    使用pivot,可以重塑回原来的样子:

    In [161]: reshaped = melted.pivot('key', 'variable', 'value')
    
    In [162]: reshaped
    Out[162]: 
    variable  A  B  C
    key              
    bar       2  5  8
    baz       3  6  9
    foo       1  4  7
    

    因为pivot的结果从列创建了一个索引,用作行标签,我们可以使用reset_index将数据移回列:

    In [163]: reshaped.reset_index()
    Out[163]: 
    variable  key  A  B  C
    0         bar  2  5  8
    1         baz  3  6  9
    2         foo  1  4  7
    

    你还可以指定列的子集,作为值的列:

    In [164]: pd.melt(df, id_vars=['key'], value_vars=['A', 'B'])
    Out[164]: 
       key variable  value
    0  foo        A      1
    1  bar        A      2
    2  baz        A      3
    3  foo        B      4
    4  bar        B      5
    5  baz        B      6
    

    pandas.melt也可以不用分组指标:

    In [165]: pd.melt(df, value_vars=['A', 'B', 'C'])
    Out[165]: 
      variable  value
    0        A      1
    1        A      2
    2        A      3
    3        B      4
    4        B      5
    5        B      6
    6        C      7
    7        C      8
    8        C      9
    
    In [166]: pd.melt(df, value_vars=['key', 'A', 'B'])
    Out[166]: 
      variable value
    0      key   foo
    1      key   bar
    2      key   baz
    3        A     1
    4        A     2
    5        A     3
    6        B     4
    7        B     5
    8        B     6
    

    8.4 总结

    现在你已经掌握了pandas数据导入、清洗、重塑,我们可以进一步学习matplotlib数据可视化。我们在稍后会回到pandas,学习更高级的分析。

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          本文标题:第08章 数据规整:聚合、合并和重塑

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