CscoreTool接HicExplorer进行A/B分析

主要提及summary文件的生成过程

summary文件具体内容：

第1列). Read Name 名称

第2列). 染色体

第3列). 位置

第4列). 方向

第5列). 染色体

第6列). 位置

第7列). 方向

首先由hicexplorer中hicBuildMatrix建立矩阵时，参数-outBam生成一个bam文件

Output bam file to process. Optional parameter. A bam file containing all valid Hi-C reads can be created using this option. This bam file could be useful to inspect the distribution of valid Hi-C reads pairs or for other downstream analyses, but is not used by any HiCExplorer tool. Computation will be significantly longer if this option is set.

由此bam文件生成CscoreTool所需要的summary文件

首先将成对数据合并为一行

#!/usr/bin/python
# -*- coding: UTF-8 -*-

old = open('/home/panda/桌面/new_m1-1.bed','r')
new = open('/home/panda/桌面/new_m1-1.bed','w')

line0 = old.readline()
while line0:
    line = line0.rstrip().split('\t')
    line1 = old.readline().rstrip().split('\t')
    line2 = (line[0] + '\t' + line[1] + '\t' + line[2] + '\t' + line[3] + '\t' + line[4] + '\t' + line[5] + '\t' + line1[0] + '\t' + line1[1] + '\t' + line1[2] + '\t' + line1[3] + '\t' + line1[4] + '\t' + line1[5] + '\n')
    new.write(line2)
    line0 = old.readline()

其次提取summary文件所需信息

#!/usr/bin/python
# -*- coding: UTF-8 -*-

old = open('/home/panda/桌面/new_m1-1.bed','r')
new = open('/home/panda/桌面/new_new_M1-1.summary','w')

line0 = old.readline()
while line0:
    line = line0.rstrip().split('\t')
    line1 = (line[3] + '\t' + line[0] + '\t' + line[1] + '\t' + line[5] + '\t' + line[6] + '\t' + line[7] + '\t' + line[11] + '\n')
    new.write(line1)
    line0 = old.readline()

2、此外windows.bed文件的生成（该文件用于指定要分析的基因组窗口大小）

下载CscoreTool文件夹中有generateEqualLengthBed.cpp文件

对generateEqualLengthBed.cpp执行命令

$ g++ -o generateEqualLengthBed generateEqualLengthBed.cpp

生成一个可执行文件generateEqualLengthBed，

###执行以下命令生成windows.bed
###对于常见物种chrSizes.txt（染色体大小文件）可以直接下载，直接执行下面的命令
$ generateEqualLengthBed <chrSizes.txt> <out.bed> <windowsize>

###不常见的物种，chrSizes.txt可以由samtools生成的**reference.fasta.fai**文件代替
###执行以下命令
$ samtools faidx reference.fasta  ##会生成reference.fasta.fai文件
$ generateEqualLengthBed <reference.fasta.fai> <out.bed> <windowsize>  ##生成windows.bed文件

番外，文件中特定列的内容替换

###将第一列内容替换为：chr1
#!/usr/bin/python
# -*- coding: UTF-8 -*-

old = open('/home/panda/桌面/M2.bedGraph','r')
new = open('/home/panda/桌面/new_M2.bedGraph','w')

line0 = old.readline()
while line0:
    line = line0.rstrip().split('\t')
    a = 'chr1'
    line[0] = a
    line1 = (line[0] + '\t' + line[1] + '\t' + line[2] +'\t' + line[3] + '\n')
    new.write(line1)
    line0 = old.readline()