最近工作需要用到cnvnator，之前只在centos下安装使用过cnvnator，现在换成了Ubuntu系统，安装编译cnvnator遇到了一列的坑，只想说cnvnator不愧是拷贝数变异检测界最难安装软件！在调试过程中查了很多资料，感谢有大家分享经验才得以调试安装成功，尤其是这两篇文章，很有帮助，CNVnator安装使用说明 - 简书 (jianshu.com)，https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-37696-1-1.html。按照上述流程，我编译过程中还是遇到的一些报错，现在将我的解决经验与大家共享。
（一）环境要求
我的是ubuntu16.4 ，gcc是5.4。可以用 cat /proc/version查看Ubuntu和gcc版本信息，这个信息用于选root版本，网上有人说需要选择与gcc相匹配的root包，我用的与gcc版本不同的包也安装成功了，当然尽量版本信息一致，可以减少出问题的几率。
（二）依赖包的要求
CNVnator的安装依赖于samtools和root包，samtools选择的samtools1.1.0，我尝试过samtools1.2，报错信息要比samtools1.1.0多，所以最终选用的samtools-1.10，可以在SAMtools/BCFtools/HTSlib - Downloads官网下载。
1.samtools安装
下载好samtools-1.10.tar.bz2文件后，解压缩
tar -xvf samtools-1.10.tar.bz2
cd samtools-1.10
./configure --prefix=/path/to/samtools ###prefix后面添加samtools安装目标路径
make all all-htslib && make install-htslib
将samtools添加到环境变量中
export PATH=/path/to/samtools/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/samtools/lib:$LD_LIBRARY_PATH
2. root 安装
root的官网上（https://root.cern/）提供了编译好的root包，解压以后直接可以用，选择与gcc相对应的版本就可以，我用的root 6.16，也可以用6.18-gcc5.4这个，这是下载链接 Release 61800 - ROOT
下载了gz文件后
用tar -xvf解压得到root文件包，就可以了
将root添加到环境变量中，这一步一定要做！！！不然后面会报很多错误
export PATH=/path/to/SOURCE/root/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/SOURCE/root/lib:$LD_LIBRARY_PATH
（三）CNVnator编译和安装
前面两步安装基本没啥问题，这一步是报错最多、调试最久的。
1 下载CNVnator0.4.1安装包
网址：https://github.com/abyzovlab/CNVnator
2 解压缩
unzip CNVnator_v0.4.1.zip
3 建立软连接
cd CNVnator_v0.4.1/src ####进入CNVnator文件夹下的src文件夹
ln -s /path/to/samtools samtools ####这里的path/to/samtools是你从官网下载下来后编译过的samtools文件夹，不是你安装目标文件夹，这个一定不要搞错，比如我下载了 samtools-1.10.tar.bz2后，我是在/analysis目录下解压得到的samtools-1.10，那么我的path/to/samtools就是/analysis/samtools-1.10
ln -s /path/to/root root_build ####这里的path/to/root是你解压root的gz文件后，所得root文件夹所在目录
make
(四）错误调试
错误一 gcc编译时出现DSO missing from command line
这和上面引用文章里遇到的问题一样的，我的错误信息覆盖掉了，引用一下他的来说明一下。
/usr/bin/ld: samtools/htslib-1.9/libhts.a(hfile_s3.o): undefined reference to symbol 'HMAC@@libcrypto.so.10'
//usr/lib64/libcrypto.so.10: error adding symbols: DSO missing from command line
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [cnvnator] Error 1
出现这个问题 ，通常是由于gcc指令没有引入正确的库导致的，DSO missing from command line这句提示前会有库名，根据库名，在gcc后面加上-lcrypto，具体解决方法为：
原指令: gcc XXXXX
新指令：gcc XXXXX -lcrypto
也就是说在指令的末尾加上缺失的库，也可以执行make命令时，使用以下命令：
make LIBS="-lcrypto"
错误二 出现ld：cannot find -lcrypto
查了很多资料，都说是ubuntu没有安装libz的库，如果确实没安装，可以用apt install zlib1g安装，但是我安装过，后来发现是anaconda2没识别apt install方式安装的包，我把环境变量更改了一下，将/usr/bin放在最前面，用/usr/bin/下的ld，就没有报这个错误了。具体操作如下：
export PATH=/usr/bin/:$PATH
错误三：出现dynsym local symbol at index 2 ；libdeflate库里的函数都不识别
（1）出现dynsym local symbol at index 2,采用如下方法解决，参考Ubuntu下编译Qt项目出现libQt5WebEngineCore.so报错 – 可可知秋 (cocozq.com)
sudo ln -sf /usr/bin/x86_64-linux-gnu-ld.gold /usr/bin/ld
（2）undefined reference to "libdeflate_crc32" "libdeflate_freee_decompressor"
这个问题花了最久的时间，最后是通过在gcc后面加-ldeflate解决的
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