1、本文搬运自ETasci-2013-SurfacePreparationHowTo,简单总结一下,方便大家
2、首先讲一下思路:我们要找到新的单胞,然后我们做晶格基矢转换再加一个真空层就行了,其实很简单。下面讲解步骤。
首先你需要两个东西,一个是晶格结构,需要时VESTA能够打开的格式,这里以Material Project上下载下来的*.cif文件为例。然后把文件拖入到VESTA中。

然后就是找新的单胞,首先我们要找到单胞对应的6个平面,当然在这之前要先扩展成超胞看起来比较方便。(这一步的所有步骤都没有改变元胞信息只是为了我们看着方便,包括下面的删除原子之类的。)点左边的Boundary,然后把x,y,z改成3 3 3

然后我们的模型就变成超胞了。


点左上角的
Edit
,然后点Lattice Planes
,就出来编辑平面的窗口

然后点
New
,就可以新建平面,新建完了以后会显示在左边,这里添加6个平面,得到新的单胞,如下图所示。

删除多余的原子,用最左侧边栏上的第二个鼠标指针选中然后按键盘上的Del键即可删除

然后我们就得到了新的单胞,这里丢失了一些原子。

这里因为晶格间距和例子中的不一样,所以截出来的单胞并不是很理想,所以拿上面那个PDF中的来说吧,实际操作中根据自己的需要来截,这一步是最关键的。

这个就是PDF中的例子给出的单胞,顶点上有4个原子,像上边一样用左边栏第二个箭头选中4个原子下面的窗口会给出4个原子现在的坐标,分别减去新的原点O‘的坐标,就得到了新的晶格基矢与原来的基矢的关系
终于得到了晶格变换矩阵
注意:到这里为止我们都没有实际上改变原来的晶格结构文件。下面我们就要改了
点Edit
>>Edit data
>>Unit cell
然后点Transform在Rotation matrixP中填上刚才得到的变换矩阵就得到了新的单胞,下面就是添加真空层了,只需要File>>Export data选VASP的格式然后选笛卡尔坐标,再把c方向加大就行了。PP
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