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用VESTA建立表面模型

用VESTA建立表面模型

作者: 多米尼克2049 | 来源:发表于2019-10-12 11:44 被阅读0次

1、本文搬运自ETasci-2013-SurfacePreparationHowTo,简单总结一下,方便大家
2、首先讲一下思路:我们要找到新的单胞,然后我们做晶格基矢转换再加一个真空层就行了,其实很简单。下面讲解步骤。
首先你需要两个东西,一个是晶格结构,需要时VESTA能够打开的格式,这里以Material Project上下载下来的*.cif文件为例。然后把文件拖入到VESTA中。

1.jpg
然后就是找新的单胞,首先我们要找到单胞对应的6个平面,当然在这之前要先扩展成超胞看起来比较方便。(这一步的所有步骤都没有改变元胞信息只是为了我们看着方便,包括下面的删除原子之类的。)点左边的Boundary,然后把x,y,z改成3 3 3 2.jpg
然后我们的模型就变成超胞了。 3.jpg ,然后选平面,
4.jpg
点左上角的Edit,然后点Lattice Planes,就出来编辑平面的窗口 5.jpg
然后点New,就可以新建平面,新建完了以后会显示在左边,这里添加6个平面,得到新的单胞,如下图所示。
6.jpg
7.jpg
删除多余的原子,用最左侧边栏上的第二个鼠标指针选中然后按键盘上的Del键即可删除
8.jpg
然后我们就得到了新的单胞,这里丢失了一些原子。
9.jpg
这里因为晶格间距和例子中的不一样,所以截出来的单胞并不是很理想,所以拿上面那个PDF中的来说吧,实际操作中根据自己的需要来截,这一步是最关键的。
10.jpg
这个就是PDF中的例子给出的单胞,顶点上有4个原子,像上边一样用左边栏第二个箭头选中4个原子下面的窗口会给出4个原子现在的坐标,分别减去新的原点O‘的坐标,就得到了新的晶格基矢与原来的基矢的关系

a' = -a+b
b' = -\frac{1}{2}a-\frac{1}{2}b+c
c' = a+b+c

终于得到了晶格变换矩阵

\begin{matrix} -1 & -1/2 & 1 \\ 1 & -1/2 & 1 \\ 0 & 1 & 1 \end{matrix} \tag{1}
注意:到这里为止我们都没有实际上改变原来的晶格结构文件。下面我们就要改了
Edit>>Edit data>>Unit cell然后点Transform在Rotation matrixP中填上刚才得到的变换矩阵就得到了新的单胞,下面就是添加真空层了,只需要File>>Export data选VASP的格式然后选笛卡尔坐标,再把c方向加大就行了。PP

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