1、格式化数据库
makeblastdb -in genome.pep -dbtype prot
2、序列比对(筛选blast最优结果)
blastp -query AP2.fa -db /home/data/t040212/work/01liuningwei/01rnaseq/pep.fa -outfmt 6 -max_hsps 1 -num_alignments 1 -out ap2.tab -evalue 1e-5 -num_threads 8
1、格式化数据库
makeblastdb -in genome.pep -dbtype prot
2、序列比对(筛选blast最优结果)
blastp -query AP2.fa -db /home/data/t040212/work/01liuningwei/01rnaseq/pep.fa -outfmt 6 -max_hsps 1 -num_alignments 1 -out ap2.tab -evalue 1e-5 -num_threads 8
1、格式化数据库 2、序列比对(筛选blast最优结果)
基因家族树构建最常用的方法是 NJ 法和 ML 方法，构建进化树之前，需要进行多序列比对。 多序列比对 多序列比对...
序列比对和序列特征分析总目录 关于多序列比对可以参考Wiki 定义： 多序列比对是对3条以上（包括3条）DNA,R...
新建文件夹进化分析1 包括1多序列比对与可视化Mega（Muscle）进行序列比对，JalView进行多序列比对结...
最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多，有文献报道：比对速度（Mu...
首先利用muscle进行多序列比对：“muscle -in 序列文件.fasta -out 输出的比对结果文件.f...
多序列比对,进化树分析,motif预测,密码子偏好性分析(1)进行BopA蛋白序列下载，多序列比对及进化树分析后，...
一、多序列比对能干嘛？ 下面是多序列比对的主要应用： 1. 推测——Extrapolation 可以推测一条未知的...
序列比对和序列特征分析总目录 多序列比对的软件很多，具体可参考https://www.ebi.ac.uk/Tool...
一、ClustalW进行多序列比对 ClustalW是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反映序...
本文标题：2022-06-05多序列比对教程
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/zalrmrtx.html
网友评论