液相色谱内部管路错综复杂，容易出现管路和接头故障，这也是液相色谱故障最常见之一，这类故障属于外部设备故障，较好判别。一般的问题就是管路堵塞和接头损坏，造成系统压力升高、漏液、出现杂峰等现象，所以在出现这类问题时应该首先检查管路和接头，排除这类故障后再进行后续的排查。
管路阻塞
阻塞是管路的主要故障,当管路完全阻塞时，压力会突然升高，出现报警提示;部分阻塞时压力变化开始不明显，不断滞留在液流中的微粒会使压力会慢慢升高，最后完全阻塞。此外，管路阻塞的同时会看到接头或垫圈处有渗漏现象，低压不明显，高压渗漏明显。
管路完全或部分阻塞主要由下列原因引起的：
1、没有很好过滤流动相;
2、样品中有微粒;
3、泵或进样器垫圈产生碎片;
4、预柱、护柱和分析柱中漏出填料;
5、毛刺和锉屑进入;
6、流动相中的结晶盐;
7、微生物
8、系统中进入了其它颗粒性物质。
系统中管路阻塞的现象很少见，常见的是烧结过滤片(玻璃砂芯)阻塞。用烧结过滤器或过滤片(孔径2-10um)能去掉阻塞管路的微粒(如0.25mm管径)。用系统分段法检查阻塞的管路，从后向前分别松开接头检查，找到阻塞管路后，应立即拆下来疏导或换新。 如果是非刚性物质阻塞，如生物样品中的生化物质(蛋白质)、微生物等，可用极细的金属丝导通，也可以在火头上烧一烧，使有机物炭化，而后再导通。 如果是刚性物质阻塞，要导通则十分困难，采用反冲的办法有时能成功。就是将管子调头用泵冲洗。操作时要注意保护眼睛和裸露的皮肤，因阻塞物会以很高的速度冲出来。对于无法导通的管路要换上同样规格的管子。如果换上新管后又被阻塞，则应该停机检查上面提到的引起阻塞的几种原因。
管头损坏
管子切口不平整或密封卡套不平滑都会导致无法密封，造成压力不稳或者漏液等现象，此时要重新切割去坏管头(包括卡套)，调换新卡套，装上接头挤压卡紧。大多数渗漏是由接头引起的(如接头磨损、接头未拧紧等)，而不是管子问题。
几乎所有的接头故障都是可以避免的，按下列要求可以有效地预防接头的故障：
1、使用仪器设计时的部件(如同一厂商的部件);
2、使用效果好的接头部件(如零死体积，即样品通过时V0=0);
3、按要求组装和拧紧接头，不可拧得过紧;
4、避免接头混淆使用，及时作好标记;
5、使用合格的工具。
组装、拆卸接头时要检查在密封面上有无微粒和无机盐晶体。这些污染物影响密封性能，更严重的使螺丝咬死。最后，旋紧接头时最好用死扳手，保证不咬坏接头。平时要准备一些要能用到的各种接头备件。
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